金針菇是一種無毒的真菌，是可以直接生吃的，不過一般情況下不建議生吃，因爲生吃時不能確保金針菇中的細菌被完全殺滅，有很大的感染風險，容易引起腹瀉、腹痛等症。而且金針菇有一股土腥味，如果生吃口感也不太好。
此外金針菇屬於寒性的食物，本來就含有較多的寒氣，經過加熱煮熟處理，能適當的降低寒氣，可是生吃寒氣過多，更容易引起的脾胃虛寒，消化不良。
早前有傳言稱金針菇中含有秋水仙鹼，人食用後容易因氧化而產生有毒的二秋水仙鹼，它對胃腸黏膜和呼吸道黏膜有強烈的刺激作用。不過根據國家對金針菇檢測的12個指標，未發現金針菇含有秋水仙鹼有毒物質。因此即便是吃了沒有熟透的金針菇也不必於太過擔心。
1、金針菇在烹飪之前最好先焯一下水，金針菇等蘑菇中都含有比較高的草酸,放入水裏焯之後就可以去除大部分的草酸。
2、質的金針菇顏色應該是淡黃至黃褐色，菌蓋中央較邊緣稍深，菌柄上淺下深;還有一種色澤白嫩的，應該是污白或乳白。不管是白是黃，顏色特別均勻、鮮亮，沒有原來的清香而有異味的，可能是經過薰、漂、染或用添加劑處理過，要留意其藥劑會不會影響健康，殘留量是否達標。
3、金針菇性寒，脾胃虛寒、慢性腹瀉的人應少吃;關節炎、紅斑狼瘡患者也要慎食，以免加重病情。
