如果只是需要短期保存金針菇可以直接將整包放進冰箱冷藏保存即可;已經打開的，可放在紙巾上吸掉多餘水分取保鮮膜把金針菇包起來，因爲保鮮膜都有適度的透氧性和透溼度，調節被保鮮品周圍的氧氣和水分的含量，阻隔灰塵，從而延長食品的保鮮期，包裹時儘量不要壓迫到蕈傘，再放進冰箱冷藏，可保存2-3天。
除了用保鮮膜包好冷藏之外，也可以用乾燥的報紙將金針菇包好以後放入冰箱的保鮮櫃中保存紙的透氣性更好，而保鮮櫃可以防止金針菇水分過度蒸發，用此法可以保鮮1個星期左右。
買回時的金針菇如果是真空包裝又不會立即食用的話，可以直接放入冰箱冷藏保存，可以保存3~4天。如果是真空包裝打開過的還剩一些金針菇需要保存，則可以用塬包裝包好以後，在真空包裝表面，戳幾個小洞，以保持空氣流通。
金針菇如果想要保存時間更長可以放入冰箱冷凍櫃保存，切掉金針菇菌柄底端，用手稍微搓揉，使金針菇分開，放入密封袋中冷凍。金針菇從冷凍庫取出後不需解凍，可直接使用。
鹽水浸泡保存
新鮮的金針菇可將根部剪掉後，在淡鹽水中浸泡10分鐘，瀝乾後再冰箱冷藏保存，這樣可以保存一週左右。
化學保鮮法是商家比較常用的一種方法，將無毒的化學物質用於浸泡或噴灑在金針菇表面，以達到延長金針菇新鮮的目的。可用於金針菇保鮮的化學物質有：焦亞硫酸鈉、氯化鈉、稀鹽酸、高濃度的二氧化碳、保鮮劑、抗壞血酸及比久等。
