兩者各有優點，不好比較，建議根據自身體質需求來進行選擇。
黃苦蕎顏色偏黃，主要入脾經，健脾化溼的功效會優於黑苦蕎，更適合有脾虛大便粘滯、或者血糖血脂偏高者食用。
黑苦蕎顏色偏黑，主要入於腎經，溫腎的功效會優於黃苦蕎，更適合有腰膝痠軟冷痛等症狀者的中老年人食用。
1、生產環境不同
黃苦蕎一般在海拔1500米以上的高寒山區成長，黑苦蕎只能在海拔2400米以上貴州威寧高寒山區成長。
2、產量不同
黃苦蕎茶栽培要求相對比較低，所以在產量上來說，黃苦蕎更多，黑苦蕎只有它的一半左右。
3、營養價值不同
黃苦蕎與黑苦蕎的生長環境不同，這也導致兩者營養價值不同，據悉，黑苦蕎在營養方面是黃苦蕎的3到5倍左右，有“五穀之王”之稱。
1、助消化，利減肥
黑苦蕎中的食物纖維可以幫助消化，排出體內油脂和毒素，有利於減肥。
2、健胃護肝
黑苦蕎中的蘆丁對於慢性肝炎、肝硬化有較好的治療效果，此外，還可以減輕胃的負擔，可以預防胃病的發生。
3、防三高
黑苦蕎中的蘆丁可以軟化血管，改善人體微循環，並且對高血壓、高血糖、高血脂具有輔助治療的作用。
4、消炎
黑苦蕎中的蘆丁，具有抗菌消炎的作用，能夠對潰瘍有着很好的消炎止痛的效果，還能夠很大程度的抵抗病菌的入侵。
5、防癌抗癌
黑苦蕎體內含有很多的微量元素和抗癌物質，這些元素具有抑制癌細胞增長擴散的功效，常喝黑苦蕎茶有助於預防癌症的發生。
