枳實導滯丸的副作用尚不明確。
枳實導滯丸目前還沒有發現明顯禁忌，雖然含有的澤瀉具有肝毒性、腎毒性，服用不當，能讓肝臟、腎臟出現腫脹以及其他中毒症狀，但是枳實導滯丸的澤瀉的含量也不是很多，主要是正確的使用，是不會出現澤瀉的副作用的，但是大家也要注意一些用藥的禁忌，比如：如果服藥兩天還不見效，建議調整其他藥物。
1. 飲食宜清淡，忌酒及辛辣食物。
2. 不宜在服藥期間同時服用滋補性中藥。
3. 有高血壓、心臟病、肝病、糖尿病、腎病等慢性病嚴重者應在醫師指導下服用。
4. 兒童、孕婦、哺乳期婦女、年老體弱者應在醫師指導下服用。
5. 嚴格按用法用量服用，本品不宜長期服用。
6. 服藥3天症狀無緩解，應去醫院就診。
7. 對本品過敏者禁用，過敏體質者慎用。
8. 本品性狀發生政變時禁止使用。
9. 兒童必須在成人監護下使用。
10. 請將本品放在兒童不能接觸的地方。
