華佗再造丸的副作用尚不明確。
華佗再造丸的副作用有極個別的患者在服藥後出現了納差、便祕、灼熱、咽乾口苦、心煩易怒等不適症狀。不過，通常情況下，這些不適症狀不嚴重，同時在服用白菊蜜糖水服用藥品後，部分不適症狀可緩解，在停藥後幾乎全部不適症狀都可以自行消退，所以患者朋友們不必過分擔心。
1. 中風後遺症表現有半身不遂、言語蹇澀、口眼歪斜、肢體麻木，兼見舌苔白或膩、舌質紫暗、脈澀或弦滑等辨證屬於瘀血阻滯或風痰阻滯經絡所致者。
2. 缺血性中風表現爲頭暈、一側肢體麻木或無力、休息後突然出現肢體不靈活或偏癱、口眼歪斜、言語不清，或素有心臟病突然出現短暫的意識障礙、偏癱、失語、舌紫暗、或有瘀點瘀斑、舌苔膩、脈澀或滑。辨證屬於瘀血阻滯或痰溼閉阻經絡者。
3. 頭痛、眩暈表現爲經常頭痛、眩暈、手足麻木，或高血壓者頭昏、行動遲緩、易哭易笑、舌質暗紅、脈弦。辨證屬於肝腎陰虛、筋脈失養、氣血瘀滯者。
4. 胸痹症見胸悶如窒、心悸、胸痛或痛引肩背、舌紫暗或有瘀點、苔濁膩、脈弦澀或濡緩或滑。辨證屬於氣滯血瘀成痰濁阻絡者。
5.風溼寒痹對因風寒邪氣雜至、閉阻經絡、氣血運行不暢所致的肌肉、筋骨關節痠痛、麻木、屈伸不利的痹症。
