香連丸的副作用尚不明確。
香連丸主要由萸黃連，木香等製成，屬於中成藥，副作用一般來說是比較小的，但是是藥三分毒，藥品的服用需要遵醫囑，不能擅自服藥。
1. 孕婦慎用。
2. 忌食辛辣，油膩食物。
3. 按照用法用量服用，小兒、哺乳期婦女及年老體虛者應在醫師指導下服用。
4. 服藥3天后症狀未改善，應去醫院就診。
5. 對本品過敏者禁用，過敏體質者慎用。
6. 本品性狀發生改變時禁止使用。
7. 兒童必須在成人監護下使用。
8. 請將本品放在兒童不能接觸的地方。
9. 如正在使用其他藥品，使用本品前請諮詢醫師或藥師。
