加味香連丸的副作用尚不明確。
加味香連丸的主要成份是木香、姜黃連、黃芩、黃柏(酒炙)、白芍、當歸、姜厚朴、麩炒枳殼、檳榔、醋延胡索、制吳茱萸、炙甘草。爲純中藥製劑，副作用相對來說是比較小的，一般來說，是藥三分毒，建議最好不要長期使用加味香連丸，最好在醫生的指導下按照療程用藥，效果會比較理想的。
1、在使用期間不要食用生冷、辛辣、油膩等不容易消化及帶有刺激性的食物;
2、在使用期間不要抽菸，不要喝酒，煙、酒會對脾胃腎等器官有一定的刺激作用;
3、對加味香連丸過敏的患者不可以使用;
4、具有慢性虛寒性泄痢疾的患者要在醫生的指導下服用;
5、加味香連丸很容易傷到脾胃，不可以過多服用、長久服用;
6、將加味香連丸放置在陰暗通風的地方，並且要避免兒童接觸，以免兒童誤食。
