南瓜子和羊肉都屬於熱性的食物，相結合會產生腹脹、便祕的可能性。尤其是患感染性疾病和發熱症狀者更不能食用，以免導致病情惡化。
南瓜子的含鐵量豐富，鐵與維生素C是互相關聯的，可是跟咖啡卻是相剋的，因此在吃南瓜籽等含鐵豐富的食物時，不宜同時喝咖啡或喝茶，否則會影響鐵質的吸收。
南瓜子中含有豐富的蛋白質，若是和一些富含鞣酸的食物同吃，其蛋白質和鞣酸會發生絡合反應，導致南瓜子的營養成分降低，還會加重消化負擔。
常見的富含鞣酸的食物有：柿子、竹筍、酸梨、酸布林、石榴皮等。
南瓜子本身油脂含量就極高，不好消化，若再和富含脂肪酸的食物同吃，腸胃的消化負擔會更大，很容易影響消化。另外，南瓜子中還含有一定的不飽和脂肪酸，若和大量的飽和脂肪酸食用會降低不飽和脂肪酸的吸收率，降低南瓜子的營養價值。
常見的富含脂肪酸的食物有：肥肉、東坡肉、蠔油、沙拉醬、禽類皮等。
