苦瓜中含有大量的草酸，在食用苦瓜的同時食用含鈣高的食物會導致兩種食物中的成分在胃腸內發生化學反應，產生的草酸鈣屬於能以吸收的成分，會降低補鈣功效，還會增加腎臟的負荷，長期如此可引起腎結石。
苦瓜性寒，而且寒性還比較重，不適合生吃，也不適合大量食用，更不適合和其他寒性食物一起食用。同時食用兩種寒性的食物會導致體內寒氣增加，引起脾胃虛寒，出現消化不良，腹瀉、腹痛等症狀。
常見寒性食物如：山竹、西瓜、西紅柿、柿子、小米，綠豆、海帶、冬瓜、苦菜、百合、竹筍等。
苦瓜性寒，食用後會引起脾胃偏向寒性，而油膩的食物的消化吸收比較依賴胃腸，在吃苦瓜的同食食用油膩的食物則容易引起腹瀉。
油膩食物如：脂肪，膽固醇含量高的，油炸類，肝，腦，腎，腸等，多數肉類(特別是肥肉)都是油膩的食物。
苦瓜富含維生素C，這也是其營養價值的一個主要體現，而黃瓜中則含有大量的維生素C分解酶，這兩者一起吃不僅口味不是很好，還會導致維生素C大量的分解，降低苦瓜的營養價值。
當然，這指的是吃完苦瓜再生吃黃瓜不宜，如果是把苦瓜和黃瓜一起熟食的，則沒有關係，因爲黃瓜煮熟則會去掉其維生素C分解酶，就不會影響苦瓜的維生素c了。
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