CT：對於急性出血、骨骼鈣化顯示清晰，診斷病變內的骨化、鈣化和骨骼畸形有較大優勢，價格相對低廉。CT最適於胸部掃描，對胸腔、肺、心腔內的腫塊、出血等易於查出。若病變太小，尤其小於3毫米的病變，CT則難以查出。
核磁共振：對神經系統、頭部、頸椎、胸椎、腰椎、四肢等部位的檢查獨具優勢，最大優點是不僅能顯示病變組織，還能反映活體組織功能和代謝過程中的生理生化信息。
CT：而對於像肺、胃腸這樣含氣的器官，或者想了解冠狀動脈的情況，CT檢查是首選。對於腦出血性疾病，要儘快做CT檢查，以明確診斷。雖然磁共振檢查對腦出血性病變也能確診，但檢查時間相對較長。
核磁共振：對於軟組織病變、腫瘤等，磁共振檢查的分辨率高於CT。所以，一般神經系統(包括腦、脊髓)、腹部實質性臟器(如肝臟、胰腺、腎臟等)、乳腺、身體各部位的關節以及全身的軟組織等，磁共振檢查有優勢。
注意：
若懷疑是急性腦梗死，就要馬上做磁共振。因爲在急性腦梗死發生的12小時之內，CT難以發現病變，而磁共振在發病30分鐘左右就能確定病變部位。
磁共振檢查檢查過程需要20-30分鐘。
磁共振檢查是目前世界上最爲先進的磁共振之一，已投入臨牀使用。。查頭部核磁共振是必要的，需要注意排除顱內的佔位性病變，核磁共振雖然也有射線，但相對CT要小一些，基本對身體沒什麼大礙，檢查過程需要20-30分鐘。
核磁共振取片子時間的長短，要看在那個醫院做這個檢查。
其實核磁出結果是比較快的，現在也都是數字的，在你做完核磁後幾分鐘內其實你的片子就已經可以打印出來了，病人不多的情況下報告也會很快出來，即使病人多，那報告也會在兩三個小時內出來。有的醫院的效率高，當天就能拿結果，有的效率低可能需要第二天拿到結果。
做磁共振檢查的注意事項
1、裝有心臟起搏器或心臟支架、血管支架、心臟搭橋、神經刺激器的患者不能做MRI。
2、顱內有銀夾、眼球內金屬異物者禁止做該檢查。
3、曾做過動脈病手術(動脈瘤術後)、心臟手術並帶有人工心瓣膜者不能做MRI。
4、裝有胰島素泵的患者不能做。
5、檢查部位有金屬物(體內或顱內有鋼板、鋼釘、鐵釘)，要主動向檢查醫師事先說明情況。
6、女性要把帶金屬內衣鉤的胸衣取下，而懷孕婦女慎做MRI。
7、檢查前，要將隨身的金屬物品如硬幣、眼鏡、鋼筆及各種磁卡取出，以免影響檢查。
1、各部位增強掃描及腹部平掃患者，檢查前，至少禁食4小時;
2、行腹部檢查之患者，檢查前1周內，不得作鋇餐檢查;
3、請帶全已作過的檢查結果備用，如X光片、同位素、超聲波、肝功能、甲胎等，以及曾作過的任何CT片及報告等;
4、增強檢查患者必須行碘過敏實驗，呈陰性者方可進行。行碘過敏實驗前，必須全面瞭解CT增強檢查須知，並經本人和家屬簽字後，作碘過敏實驗(CT增強檢查須知，附後)。
