胎兒頭顱磁共振一般在孕晚期進行，它沒有電離輻射及射線，對孕婦及胎兒是沒影響的，較爲安全。
但孕早期的媽媽做會有一定的危害。孕早期是胎兒各器官形成的關鍵時期，這時候它們對噪音和熱量很敏感，做磁共振檢查就會產生噪音和熱量，從而影響到胚胎髮育，可能導致胎兒畸形，因此孕早期不能做核磁共振檢查。
胎兒頭顱磁共振是孕期懷疑胎兒頭腦異常的一種輔助檢查，它可以檢查出胎兒是否先天性腦積水、有無神經管畸形(包括無腦兒、腦膨出、腦脊髓膜膨出、脊柱裂等)、囊性腺瘤樣畸形等，這些情況一旦確診，都會建議引產。
磁共振除了能檢查胎兒顱腦問題外，還可以對胎兒腹部、胎盤異常等問題進行評估檢查。
1、該檢查最好是在孕28周後進行，這時候胎兒各器官都發育完成了，能在覈磁共振下很好地顯像，有病變能更清楚的看到。
2、檢查前應去除身上所有金屬物品及電子產品，帶金屬掛鉤或鋼圈的內衣也要去掉，因爲這些會影響檢查結果。
3、檢查過程中應儘可能地的將自己的呼吸變得平穩、淺慢，這樣腹部臟器的活動程度變小，將更有利於胎兒的成像，結果也更爲準確。
