MRI由於具有強烈的軟組織對比優勢，所以是進行中樞神經系統影像學檢查的首選。MRI對腦腫瘤，腦炎性病變、腦白質病變、腦梗塞、腦先天性異常等的診斷比CT更爲敏感，可發現早期病變，定位也更加準確。對顱底及腦幹的病變因無僞影可顯示得更清楚。MRI可不用造影劑顯示腦血管，發現有無動脈瘤和動脈畸形，MRI還可直接顯示一些顱神經，可發現發生在這些神經上的早期病變。MRI可直接顯示脊髓的全貌，因而對脊髓腫瘤或椎管內腫瘤、脊髓白質病變，脊髓空洞，脊髓損傷等有重要的診斷價值。對椎間盤病變，MRI可顯示其變性突出或膨出。顯示椎管狹窄也較好。對於頸、胸椎、CT常顯示不滿意，而MRI顯示清楚。另外MRI對顯示椎體轉移性腫瘤也十分敏感。
可用於心臟病、心肌病、心包腫瘤、心包積液以及附壁血栓、內膜片的剝離等的診斷。MRI可直接顯示心肌和左右心室腔(用心電門控)，可瞭解心肌損害的情況，並可測定心臟功能。對縱隔內大血管的情況可清楚顯示。對縱隔腫瘤的定位定性也極有幫助，還可顯示肺水腫，肺栓塞，肺腫瘤的情況。可區別胸腔積液的性質，區別血管斷面還是淋巴結。
MRI對肝、腎、胰、脾、腎上腺等實質性臟器病疾的診斷可提供十分有價值的信息，有助於確診。對小病變也較易顯示，因而能發現早期病變。MRI胰膽道造影(MRCP)可顯示膽道和胰管，可替代ERCP。MR尿路造影(MRU)可顯示擴張的輸尿管和腎盂、腎盞，對腎功能差，IVU不顯影的病人尤爲適用。
MRI可顯示子宮，卵巢，膀胱，前列腺，精囊等器官的病變，可直接看到子宮內膜，肌層，對早期診斷子宮腫瘤性病變有很大的幫助。對卵巢，膀胱，前列腺等處病變的定位定性診斷也有很大價值。
MRI對關節內的軟骨盤，肌腱，韌帶的損傷，顯示率比CT高。由於對骨髓的變化較敏感，能早期發現骨轉移，骨髓炎，無菌性壞死，白血病骨髓浸潤等。對骨腫瘤的軟組織塊顯示清楚，對軟組織損傷也有一定的診斷價值。
無論來源於神經、血管、淋巴管、肌肉、結締組織的腫瘤、感染、變性病變等，皆可做出較爲準確的定位、定性的診斷。MRI對顯示後腹膜的腫瘤以及與周圍臟器的關係有很大價值。還可顯示腹主動脈或其他大血管的病變，如腹主動脈瘤，布-查綜合症，腎動脈狹窄等。
1、安裝人工心臟起博器者及神經刺激器者禁止做檢查。
2、顱內有銀夾及眼球內金屬異物者禁止做檢查。
3、心電監護儀不能進入MRI檢查室。曾做過動脈病手術、曾做過心臟手術並帶有人工心瓣膜者禁止做檢查。
4、各種危重病患者：如外傷或意外發生後的昏迷、煩躁不安、心率失常、呼吸功能不全、不斷失血及二便失禁者等等。
5、檢查部位有金屬物(如內固定鋼針釘等)不能檢查。
6、妊娠婦女慎做檢查，如有可能懷孕者，請告知檢查醫生。
7、請將病歷、X線平片、CT片、既往MRI片等資料隨同帶來MRI室供參考。
