胎兒頭顱核磁共振檢查最好是在孕28周後進行，這時候檢查效果更好。
孕12周前，正是胚胎髮育的關鍵時期，這時候是不能做核磁共振檢查的，因爲其熱量和噪音會影響胚胎分化，容易導致畸形。而孕28周前，胎兒各個器官的發育在覈磁共振下的顯像還沒有四維彩超好，所以此時做超聲檢查就好了。孕28周後，胎兒各個器官都能在覈磁共振下很好地顯像，這時候檢查效果是最好的。
1、檢查前，孕媽媽應去除身上所有金屬物品及電子產品，帶金屬掛鉤或鋼圈的內衣也要去掉，以免影響檢查結果。
2、檢查時，一般孕婦是平臥的，如平臥耐受不了的，也可以取舒適的臥位姿勢，如仰臥位或側臥位。
3、若檢查時孕媽媽有心慌、憋氣、恐懼乃至無法忍受等不適，應立即要求停止掃描。
胎兒頭顱磁共振是孕期懷疑胎兒頭腦異常的一種輔助檢查，它可以檢查出胎兒是否先天性腦積水、有無神經管畸形(包括無腦兒、腦膨出、腦脊髓膜膨出、脊柱裂等)、囊性腺瘤樣畸形等，這些情況一旦確診，都會建議引產。
磁共振除了能檢查胎兒顱腦問題外，還可以對胎兒腹部、胎盤異常等問題進行評估檢查。
