胎兒頭顱磁共振是孕期懷疑胎兒頭腦異常的一種輔助檢查，它可以檢查出胎兒是否先天性腦積水、有無神經管畸形(包括無腦兒、腦膨出、腦脊髓膜膨出、脊柱裂等)、囊性腺瘤樣畸形等，這些情況一旦確診，都會建議引產。
磁共振除了能檢查胎兒顱腦問題外，還可以對胎兒腹部、胎盤異常等問題進行評估檢查。
胎兒頭顱磁共振檢查是通過磁共振現象，從人體中獲得電磁信號並對重建人體信息，從而發現是否有異常的。它跟ct檢查不同，本身是沒有輻射的，並不會對胎兒產生不良影響，準媽媽可放心進行。
不過，孕早期的準媽媽不宜做磁共振，因爲磁共振檢查時產生的噪音和熱量會影響胚胎髮育，容易畸形。
並不是所有胎兒都要做磁共振，只有懷疑胎兒顱腦發育異常，且超聲檢查不能明確診斷，才需要通過該檢查來輔助確診。
胎兒頭顱磁共振可在孕七個月以後做，此時它的清晰度比彩超效果好，可以很好的發現胎兒顱骨發育的異常，以及對先天缺陷的診斷。
