豆腐腦的製作工藝是先將淨黃豆磨成豆瓣，去皮後放入清水中浸泡4小時左右，到豆瓣膨漲成發白時撈出，倒入磨漿機或石磨中磨成細豆漿，用濾布將細豆漿過濾，將取過豆渣的漿汁倒入鐵鍋裏，用旺火燒開後，倒入專用桶內，再將熟石膏用清水化開，放入瓦缸內，將桶裏豆漿趁熱倒入，約5分鐘，即成豆腐腦。
而豆漿是用大豆用水泡漲後磨碎、過濾、煮沸而成。因爲豆漿是水狀的，所以最容易消化和吸收。
豆漿和豆腐腦都大豆蛋白，只是豆腐腦含更多的大豆蛋白而已，豆漿中的大豆蛋經胃酸的作凝固後，再由胃蛋白酶分解消化。而豆腐腦則由胃蛋白酶直接分解消化。所以在營養和消化吸收方面豆腐腦更好點。
豆漿含有豐富的植物蛋白，磷脂，維生素B1、B2，煙酸和鐵、鈣等礦物質，尤其是鐵的含量，比其他任何乳類都豐富。豆漿是防治高血脂、高血壓、動脈硬化等疾病的理想食品。
而豆腐腦不足之處是它所含的大豆蛋白缺少一種必需氨基酸——蛋氛酸，若單獨食用，蛋白質利用率低，如搭配一些別的食物，使大豆蛋白中所缺的蛋氨基酸得到補充，使整個氨基酸的配比趨於平衡，人體就能充分吸收利用豆腐中的蛋白質。
