人體攝入低聚果糖後，體內有益菌羣雙歧桿菌數量可增殖10～100倍，是雙歧桿菌最有效的增殖因子之一，同時產生的有機酸如醋酸、乳酸、丙酸、丁酸等使腸內PH值降低，抑制外源致病菌和腸內固有腐敗細菌如沙門氏菌等的生長繁殖，減少腸內腐敗物質的生長和積累，促進腸道蠕動，防止便祕和腹瀉。
低聚果糖是一種優良的水溶性膳食纖維，能有效降低血清膽固醇、甘油三脂、遊離脂肪酸的數量，對於因血脂高而引起的高血壓、動脈硬化等一系列心血管疾病有較好的改善作用。
低聚果糖可以促進維生素B1、B2、B3、B6、B12及葉酸的自然形成，從而提高人體新陳代謝水平，提高免疫力和抗病力。
雙歧桿菌吸收低聚果糖後，迅速增殖，抑制大腸桿菌、沙門氏菌和梭狀芽胞桿菌等腐敗菌發生作用，減少毒性代謝物(如吲哚、亞硝基氨等)的生成，同時迅速將毒性代謝物排出體外，減輕肝臟負擔，起到保護肝臟的作用，預防各種慢性病、癌症等作用明顯。
促進Ca、Mg、Fe等礦物質吸收
低聚果糖在大腸內被細菌發酵生成L-乳酸，可以溶解鈣、鎂、鐵等礦物質，促進人體對礦物質的吸收。實驗證實，低聚果糖促進鈣的吸收率達70.8%。因此，低聚果糖可以促進生長髮育和防止骨質疏鬆症。
低聚果糖極少會被消化道中的胃酸和酶分解，極難被人體吸收。據測定，低聚果糖的熱值爲1.5Kcal/g以下，而蔗糖熱值爲4.6Kcal/g，因此攝入低聚果糖後，不會引起肥胖，是理想的、低熱值的功能性甜味劑。
低聚果糖不能被突變鏈球菌利用生成不溶性葡聚糖而提供口腔微生物沉積、產酸和腐蝕的場所(牙垢)，因此可以防止齲齒。
服用低聚果糖後，可以防止面瘡、黑斑、雀斑、青春痘、老人斑，使皮膚亮麗，老化減緩。
