丙泊酚靜脈注射痛的發生率在成人爲28%～90%，兒童爲28%～85%，這種疼痛可以立刻發生或延後發生。
目前發生機制尚未明瞭，丙泊酚與所有的酚類藥物一樣可以強烈刺激皮膚、黏膜和血管內膜而產生疼痛。
丙泊酚作爲麻醉誘導藥物，引起過敏反應時有報道。
丙泊酚引起過敏反應可能與患者具有遺傳性過敏史、存在藥物及其它物質過敏史及丙泊酚引起機體組胺釋放等有一定的關係。丙泊酚引起過敏反應時臨牀表現可以爲胸前區出現大片紅色斑塊或丘疹，多發生在丙泊酚靜脈誘導後數分鐘。極少患者可出現過敏性休克，表現爲胸悶、呼吸困難、蕁麻疹、血壓下降，更爲嚴重者可發生喉頭水腫、支氣管痙攣，嚴重危及患者生命。
丙泊酚具有心血管的抑制作用，引起低血壓的原因與外周血管阻力降低，心臟前負荷減少，交感神經活性和心肌收縮力下降有關。研究證實，丙泊酚引起的低血壓還與其注射速度、注射劑量和對中樞神經系統的影響有關。
丙泊酚可以抑制引起心率增加的壓力發射，對交感神經的抑制作用大於副交感神經，從而導致運用丙泊酚後有些患者出現心率過緩，甚至心率小於50次/分。而同時有時候丙泊酚也可導致患者發生竇性心動過速、室性期前收縮、ST段下降等情況。
呼吸抑制
丙泊酚臨牀運用過程中極易導致患者發生呼吸抑制，即使誘導劑量的丙泊酚也可引起患者呼吸頻率減慢和潮氣量降低，甚至可引起呼吸暫停，其程度和發生頻率大於同類的其他靜脈麻醉藥。
PRIS爲丙泊酚運用過程中最大的風險，一旦發生PRIS，其治療成功率低，故在臨牀上以預防爲主。
目前認爲，輸注速率超過5 mg/kg /h 的長時間丙泊酚輸注可能導致丙泊酚輸注綜合徵。
丙泊酚既有抗驚厥作用，又有神經興奮性，但其神經興奮性少見，多發生在麻醉恢復過程中，通常爲一過性。
通過激活γ氨基丁酸受體A(GABAA)，丙泊酚可以使機體產生生理和精神上的欣快感，故存在潛在的成癮及濫用問題。
感染
丙泊酚溶液含有甘油、純化卵磷脂、豆油和水等成分，適宜於多數細菌和真菌生長。
單次靜注丙泊酚對血糖影響不大，但可使血鉀輕度下降，7min時最明顯，下降幅度達0.34±0.06mol/L。因此，對術前存在低血鉀的患者應用丙泊酚時應注意血鉀的監測，必要時補鉀。
