常見疼痛;偶見紅、腫、瘙癢。在接種疫苗後24小時內，接種者可感覺注射部位疼痛和觸痛。這些反應一般較輕和短暫。在多數情況中，它們在2至3天內自動消失，不需要進一步的醫療措施。
常見發熱、疲勞乏力、頭疼、頭暈、噁心;偶見咽喉疼痛、肌肉疼痛、咳嗽、腹痛、關節疼痛、活動異常(活動減少增多)、口乾、食慾不振、腹泄、過敏、胸悶。以前未接觸過疫苗中抗原的寶寶等，可出現發熱、全身不適和肌痛。這些反應在接種疫苗後6-12個小時內發生，一般持續1-2天。
如過敏性休克或急性喉水腫，一般會在注射後半小時內發生，需進行搶救。
注意：甲流疫苗的副作用症狀一般都比較輕，不會給受種者帶來太長時間的不適，通常都是發生在接種後24小時內。
甲流疫苗鮮有後遺症。
對此，從目前瞭解的資料得知，注射甲流疫苗出現後遺症的案例，臨牀上鮮見，但也是有的，曾經有兒童注射甲流疫苗後引發重症腦炎，導致智力受損，說話能力以及行走能力也受到影響。
甲流疫苗後遺症出現的可能畢竟是極少數的，這很大程度上是跟受種者自身的體質以及身體狀況有有關。目前國產推出的甲流疫苗，接種總體安全，偶見不良反應，如局部疼痛、紅腫;全身不良反應時輕度發熱、頭疼等，還沒有發現罕見的不良反應。
任何藥品和疫苗多多少少都是會有不良反應、副作用發生的可能，但這些副作用症狀一般都在可預見的正常範圍內，因此不必擔心會對健康造成過大的影響。適當瞭解一下甲流疫苗的副作用，讓大家在瞭解的基礎上接受疫苗接種，這樣即使是接種該疫苗後出現副作用，也不會引起不必要的驚慌。
