按規定，基本醫療保險二檔、三檔參保人，在選定的社康中心發生的門診醫療費用，在一個醫療保險年度內，由社區門診統籌基金按總額最高不超過1000元支付，甲類藥報銷80%，乙類藥60%，診療項目90%(診療單次報銷不超過120元)。
而門診大病報銷的話，基本醫療保險一至三檔同等待遇：連續參保時間未滿12月的，由統籌基金支付相應專科治療費用60%；連續參保時間滿12月未滿36個月的，支付75%；連續參保時間滿36個月的，支付90%。
住院報銷的費用與連續參保的時間有直接關係，連續參保時間越長，報銷費用越高。
爲避免輕病住院，少兒醫療保險設立住院起付標準，按照引導分散就醫的原則，按定點醫療單位的等級不同，起付標準分別爲300至600元。
其中一級醫院、二級醫院、三級醫院、市外轉診的起付標準分別爲300元、400元、500元、600元。少兒醫療保險還設立年度最高支付限額20萬元，並與連續參加少兒醫療保險的時間掛鉤，參保時間越長，報銷比例越高。
住院保障：參保兒童在指定的醫院住院治療疾病，所產生的基本治療費用。
大病保障：血友病、再生障礙性貧血、白血病、惡性腫瘤、器官移植(七類)，器官移植範圍包括：腎臟、皮膚、血管、心臟瓣膜、角膜、骨和骨髓移植。
報銷注意事項
1、從開始繳納少兒醫保後，儘量避免中斷，否則會影響住院報銷的額度。
2、少兒醫保參保人每年有1000元的門診報銷額度，但必須在綁定的社康醫院或者二級以下醫院（14週歲以下兒童纔可以綁定在二級以下醫院，14歲以上兒童只能綁定在社康醫院）纔可以享受報銷，可以根據距離遠近及醫院水平選擇進行綁定。這個綁定的醫院是針對門診而言的，只有到綁定的醫院進行門診治療，才享受1000元的門診報銷額度。但住院不一定要去綁定的醫院，住院可以直接在深圳任何一家定點醫院辦理，住院時只需要提供身份證、社保卡和押金即可以，出院時直接在醫院結算，不需要再到社保局報銷，不管是疾病還是意外住院都可以報銷。
3、如果住院醫療費用超出基本和地方補充的累計限額，超出部分可以再報銷50%，不過只限於在深圳定點醫院的治療。
4、因爲只有住院時，纔可以真正報銷，所以如果可以住院的情況下，要儘量爭取住院，只要把這個手續辦了，就可以報銷。
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