關於五子衍宗丸的不良反應目前尚不明確，但會存在極個別患者用藥期間很有可能出現某些輕度的不良反應，包括胃腸道反應。
五子衍宗丸屬於滋補類藥物，對心血管的功能以及血液流通具有一定的要求，否則如果人體不能正常代謝導致藥物的藥性無法及時被吸收，會有損心血管器官等。
此外五子衍宗丸處於滋陰補陽類的藥物，對於腎虛的人有很好的療效，但是在孕期和哺乳期間的腎虛腰痠等最好不要食用五子衍宗丸或者在醫生的指導下食用，因爲此期間食用過量的話有可能會導致胎兒過於興奮刺激胎兒神經。
1.忌不易消化食物。
2.治療期間，宜節制房事。
3.感冒發熱病人不宜服用。
4.有高血壓、心臟病、肝病、糖尿病、腎病等慢性病嚴重者應在醫師指導下服用。
5.兒童、孕婦、哺乳期婦女應在醫師指導下服用。
6.服藥4周症狀無緩解，應去醫院就診。
7.對本品過敏者禁用，過敏體質者慎用。
8.本品性狀發生改變時禁止使用。
9.兒童必須在成人監護下使用。
10.請將本品放在兒童不能接觸的地方。
11.如正在使用其他藥品，使用本品前請諮詢醫師或藥師。
