1、黃連素的主要副作用是可使胃酸過多，即中醫所說“苦敗胃”。
2、此外黃連素最常見的副作用是便祕，大量應用後偶有噁心、嘔吐、皮疹及發熱，甚至可能導致橫紋肌溶解症及乳酸中毒症。
3、另外黃連素服用過多也有可能會產生耐藥性，40歲的張女士每次腹瀉都吃黃連素，開始時挺有效，後來效果越來越不明顯。最近她腹瀉再次吃黃連素，發現幾乎沒效，趕緊到醫院就診，醫生診斷她爲腸易激綜合徵。黃連素可用於部分類型的感染型腹瀉。然而，像案例中這樣的非感染型腹瀉，用黃連素不僅效果不明顯，還可能因爲抑制腸道分泌而出現便祕、腸內菌羣失調等問題。
1、黃連素不宜用茶水送服，。茶水中的鞣酸會沉澱黃連素中的生物鹼，大大降低其藥效。
2、黃連素只適用於細菌感染的腹瀉。對腸易激綜合徵、潰瘍性結腸炎等原因導致的腹瀉，服用黃連素是沒有作用的。
3、長期大劑量服用黃連素會導致B族維生素吸收障礙，從而引發周圍神經炎。所以，如果需要長期服用黃連素，一定要接受醫師、藥師的正確指導。
4、溶血性貧血患者及葡萄糖-6-磷酸脫氫酶缺乏患者禁用。
5、妊娠期頭3個月慎用。
