金匱腎氣丸屬溫補性，如果長期服用必傷胃，進而影響消化系統。
另外金匱腎氣丸實爲六味地黃丸加附子，肉桂(皆屬熱性)而成，其“壯腎陽”功效更甚，所以若本身體質易上火可能引起燥熱口乾等，但若加服寒性藥品則影響藥效，所以若身體有不好反應則待病症消失後應立即停藥。
金匱腎氣丸用藥注意事項
1、孕婦忌服。
2、不宜和外感藥同時服用。
3、服本藥時不宜同時服用赤石脂或其製劑。
4、本品中有肉桂屬溫熱藥，不適用於具有口乾舌燥，煩燥氣急，便幹尿黃症狀的糖尿病，慢性腎炎，高血壓，心臟病的患者。
5、按照用法用量服用，小兒及年老體虛者應在醫師指導下服用。
6、本品宜飯前服或進食同時服。
7、服藥二週後症狀無改善，或出現食慾不振，頭痛，胃脘不適等症狀時，應去醫院就診。
8、藥品性狀發生改變時禁止服用。
9、兒童必須在成人的監護下使用。
10、請將此藥品放在兒童不能接觸的地方。
11、如正在服用其他藥品，使用本品前請諮詢醫師或藥師。
