桂附地黃丸由肉桂、制附子、熟地黃、山茱萸(制)、牡丹皮、山藥、茯苓、澤瀉八味藥組成，惟肉桂、制附子用量減半(與仲景腎氣丸方相近)。肉桂、制附子兩味藥在方中用量較小，意在補命門之火，即生腎氣。
金匱腎氣丸由地黃、山藥、山茱萸(酒炙)、茯苓、牡丹皮、澤瀉、桂枝、附子(炙)、牛膝(去頭)、車前子(鹽炙)十味藥組成，且加大肉桂及制附子的用量。與八味藥組成的古方“金匱腎氣丸”處方組成已大不相同，與古方“濟生腎氣丸”較接近些。
從成份上看金匱腎氣丸與桂附地黃丸相比多了牛膝、車前子這兩味中藥材。
桂附地黃丸”中有肉桂，肉桂爲肉桂樹近根之樹皮，辛甘大熱，性能下達。甘熱可益火消陰、溫裏祛寒，味辛善行血中之滯，性能下行又能入下焦而補腎陽、引火歸元。所以，該方重在“益火之源，以消陰翳”(唐·王冰)，溫補命門之火的作用較強;對於命門火衰的虛火上浮，腎不納氣而喘急欲脫，以及下焦虛寒甚所致之腰重足腫、下半身冷重、小便不利或反多，消渴等證候更爲適宜。
金匱腎氣丸是在古方“腎氣丸”的基礎上加牛膝、車前子共十位藥而成，實際上是南宋醫家嚴用和《嚴氏濟生方》中的“加味腎氣丸”，即“濟生腎氣丸”，主治因腎陽虛而氣化不行、不能運化水溼之證。加牛膝、車前子主在通利小便，車前子可行氣分之水，牛膝可行血分之水、又補腎而開少陰之竅;兩者相伍，既可利水消腫，又無損於真元之氣。故該藥主治側重於腎陽不足、氣化不行的小便不利，腰重腳腫，或全身水腫等證侯。該方對於心力衰竭、腎病等屬於腎陽虛衰所致的水腫有較好的治療作用。
由上可知桂附地黃丸更側重與補命門之火，而金匱腎氣丸更側重於腎陽虛衰。
一般中成藥所謂的金匱腎氣丸是在桂附地黃丸基礎上加入牛膝、車前子等藥物。這樣其作用從補腎陽就變成了還有溫陽利水的作用。因此，建議在醫師指導下用藥。如果是單純腎陽虛，建議用桂附地黃丸，合併氣虛則用金匱腎氣丸。
