杞菊地黃丸的成分是枸杞子、菊花、熟地黃、酒萸肉、牡丹皮、山藥、茯苓、澤瀉。輔料爲蜂蜜。而明目地黃丸的成分則是包含熟地黃、山茱萸(制)、牡丹皮、山藥、茯苓、澤瀉、枸杞子、菊花、當歸、白芍、蒺藜、石決明(煅)，輔料爲蜂蜜。
明目地黃丸具有滋腎，養肝，明目的功效。因爲明目地黃丸中含有蒺藜和石決明，因此它對於眼睛疾病的治療效果更好。而杞菊地黃丸具有滋腎養肝的功效。它主要用於肝腎陰虧，眩暈耳鳴，羞明畏光，迎風流淚，視物昏花等疾病的治療。杞菊地黃丸側重於滋陰和養肝。
明目地黃丸與杞菊地黃丸的用藥禁忌也是不一樣的。明目地黃丸適用於大部分眼睛疾病。但是暴發火眼者一定不能使用明目地黃丸，否則會損傷患者的眼睛。而有高血壓、心臟病、肝病、糖尿病、腎病等慢性病嚴重者在服用杞菊地黃丸的時候需要諮詢醫生。
