五味子有小毒,能興奮唿吸中樞,使呼吸頻率及幅度增加。並有增加胃酸及降壓作用，口服生藥13～18g以上可有打嗝、反酸、胃燒灼感、腸嗚、睏倦等，偶有過敏反應(主要表現爲：發熱、頭痛、乏力、口乾舌燥、有異昧感、噁心、嘔吐、蕁麻疹等)。
建議每天泡茶所使用的五味子果實的量最好不超過五兩，否則容易引起皮膚髮癢等一些過敏症狀。
1、五味子具有收斂的作用，如果是咳嗽初期還有痧疹初期的患者最好不要服用五味子，避免病情加重。
2、中醫方面認爲內裡溼熱，外部表邪的患者最好也不要服用五味子。
3、對於肝火較旺、胃脹泛酸水的人來說，也最好不要長期飲用五味子茶，因爲五味子中是酸味會加強這些症狀，長此以往傷肝傷胃。
4、五味子含有機酸，故不可以與下列藥配伍：
①忌與氨基糖苷類、大環內酯類抗生素配伍，因能使尿液酸性增強，從而減弱這些抗生素的抗菌效力。
②忌與磺胺類藥物及其乙酰化物配伍，因其可導致酸性杯境，使磺胺類藥物的溶解度降低，致使磺胺類藥在泌尿系統中析出，形成結晶，引起結晶尿、血尿等。
