佛手瓜性質比較溫和，陰虛體熱以及身體虛弱的人應少吃，以免加重體內的溼熱之氣，引起不適。
一些胃部疾病以及胃潰瘍的人也不宜多吃佛手瓜，以免引起胃痛或病情加重。
佛手瓜在種植的過程中會噴灑藥物來防蟲，其果皮上會殘留農藥、灰塵等物，所以食用前，尤其是生吃時，一定要先清洗乾淨再吃，最好是用淡鹽水浸泡會，以免引起不適。
佛手瓜應挑選表面光滑、茸毛軟的購買食用，這樣的吃起來比較嫩，口感更好。如果瓜皮上留有少量的刺已發硬，佛手處有種子突出表面，則表示瓜已老熟，這樣的儘量別選。
