藿香正氣水和藿香正氣口服液二者最大的區別在於藿香正氣水含有乙醇，而藿香正氣口服液不含有乙醇。
藿香正氣水其製法是將藥材用60%乙醇做溶劑，浸漬後進行過濾，合併過濾液，混勻。所以，藿香正氣水最終的藥品裏面是含有乙醇的，說明書和藥典標準中都很清楚地寫“本品含乙醇(酒精)40%-50%”。
藿香正氣口服液其製法是將藥材加60%乙醇加熱提取，然後將提取液中的乙醇加熱除去，只保留水溶液。因此，雖然在藿香正氣口服液的製備過程中用到了乙醇，但是最後都回收除去了，最終的成品液體不含有乙醇。所以，在藿香正氣口服液的說明書上，就沒有提示乙醇(酒精)含量百分比這樣的內容。
所以服用藿香正氣水前後7天是不能同時服用頭孢類藥物的，否則容易出現“雙硫侖樣反應”，出現面部潮紅、出汗、眼結膜充血、視覺模糊、頭痛、頭暈、噁心、嘔吐等症狀，嚴重還可導致胸痛、急性心衰、呼吸困難、急性肝損傷、驚厥及死亡等現象。
藿香正氣水由水煮及酒浸製而成，療效明顯，但口感較差。由於霍香正氣水藥效比較峻猛，小兒和年老體虛者服用時應有醫生和藥師指導。
而藿香正氣口服液是藿香正氣水的換代產品，不含酒精，口感好，對腸胃無刺激，適合老人、婦女及兒童服用。
1、 中暑不可盲目服用藿香正氣水藿香正氣水主要是用來理氣祛溼和驅寒，而非目前不少人誤認爲它僅僅是解暑特效藥。中暑是因爲烈日炎炎，汗出過多，飲水不足，暑熱內侵，治療應當以清熱瀉火、養陰解暑爲主。而藿香正氣水的功效是辛溫解表、散寒、除溼，屬於溫熱藥。因此在這種情況下不適宜服用藿香正氣水。
2、 感冒不能亂喝藿香正氣水
如果在三伏天感冒了，但發熱不明顯，伴有食慾不振、腹脹、舌苔白膩等症狀，像這樣體內以寒溼爲主的患者是可以服用藿香正氣水的。
細菌性腹瀉不宜用藿香正氣水。因爲藿香正氣水具有芳香化溼、解表散寒的功效，僅適用於受涼腹瀉。
3、 這些人羣慎用藿香正氣水
藿香正氣水酒精含量較高，不適合老人、孕婦、兒童等體質較弱的人羣。尤其是孕婦，藿香正氣水含有大量的中藥成分，喝了還有可能引起流產。
