正常自然分娩時，由於陰道對新生兒胸廓的擠壓，使新生兒氣道內的液體得以排除，減少了吸入性肺炎的發生。但是剖腹產無此種生產過程，會使得新生兒吸入性肺炎的發生率大大增高。
正常自然分娩時，陰道對新生兒頭部的擠壓會促進新生兒腦部的發育，而缺少陰道擠壓的剖腹產兒由於腦部某些神經中樞缺少刺激，而使小兒多動症的發生率偏高。
由於自然分娩時，新生兒在母體陰道進行了一系列適應旋轉動作，且全身皮膚也受到擠壓刺激，使皮膚和神經末梢的敏感性增強，日後較爲容易適應社會和動手協調。而剖腹產兒則缺乏第一次的刺激和適應體驗，能力培養相對較難。
由於剖腹產手術中不恰當地操作或牽拉，可能造成新生兒的皮膚損傷，甚至是骨折。
麻醉藥和鎮痛類藥物通常都會對中樞神經系統產生抑制作用。儘管麻醉藥是作用於母親的，但是它會通過血液和胎盤對造成影響。
過量的麻醉藥或孕婦因爲麻醉而出現“低氧血癥”，都會影響胎兒的氧氣供應及代謝循環。
這也是爲什麼剖腹產時，對麻醉師用藥的種類、劑量、方法等有着極爲嚴格的要求。
