菊花腦性苦、辛、涼，有清熱涼血、調中開胃和降血壓之功效，尤其是菊花腦鴨蛋湯是夏日防暑清火的佳品。
菊花腦可用於感冒風熱，發熱頭昏;肝經有熱;目赤多淚，或肝腎陰虛，眼目昏花;肝陽上亢，眩暈頭痛;瘡瘍腫痛。現代又用於冠心病、高血壓病。
菊花腦還有鎮靜、解熱作用。對金黃色葡萄球菌、乙型鏈球菌、痢疾桿菌、傷寒桿菌、副傷寒桿菌、大腸桿菌、綠膿桿菌、人型結核菌及流感病毒均有抑制作用。能明顯擴張冠狀動脈，並增加血流量。可增強毛細血管抵抗力。菊甙有降壓作用。
除了以上幾種功效外，菊花腦對於慢性肝炎、慢性膽囊炎、膽石症、急性結膜炎也可以有一定的治療效果。
