水解蛋白奶粉雖然是一種特殊的奶粉，但卻也屬於配方奶粉。只是有別於一般的配方奶粉，水解蛋白奶粉適合的人羣是一些身體較爲特殊的嬰幼兒。
一般的配方奶粉和水解蛋白奶粉，最主要的區別就是蛋白成分存在的方式不同。
一般配方奶粉中蛋白的結構就是完整的，沒有切割;而水解蛋白奶粉，從字面上也能理解到，它是經過水解工藝加工的蛋白，把完整的大分子蛋白進行切割，變成小分子的蛋白甚至遊離的氨基酸。
水解蛋白根據水解程度的不同，一般分爲部分(適度)水解蛋白奶粉和深度水解蛋白奶粉。
一般的配方奶粉適合沒有家族過敏史、身體各項指標正常的寶寶。
水解蛋白奶粉適合對牛奶蛋白過敏或者乳糖不耐受的寶寶食用。水解程度不同，水解蛋白奶粉的適應人羣也有所不同。
部分(適度)水解蛋白奶粉：主要用於牛奶過敏的飲食預防，適合於所有新生兒尤其是有過敏史的寶寶食用。它與普通牛奶配置的配方奶粉相比，營養成分相同，過敏源含量少。
深度水解蛋白奶粉：通過特殊工藝將牛奶中引起過敏的大分子牛奶蛋白變成短肽及氨基酸結構，無致敏性，可用於大部分輕到中度牛奶蛋白過敏的飲食治療。
一般配方奶粉比水解蛋白奶粉口感要好些。
有些蛋白質經過水解會產生一些苦味物質，影響配方的自然口感，特別是深度水解酪蛋白配方。部分水解蛋白配方粉比深度水解奶粉的味道可口一些。
水解蛋白配方奶有“完全水解”與“適度水解”的分別。如果寶寶確診爲對牛奶蛋白過敏，醫師會建議使用完全水解而不是適度水解蛋白配方奶粉;
當寶寶食用完全水解蛋白配方奶粉滿6個月大之後，如果沒有出現過敏反應時，家長就可以讓寶寶喝一般的配方奶，如果仍擔心會引起過敏反應，則可以選擇適度水解蛋白配方奶。至於適度水解蛋白配方奶粉的產品，因爲其蛋白質水解的程度及比例各家品牌不盡相同，應先請教專業醫師意見，並以知名品牌且品質管控較嚴格者爲優先考量。
寶寶對牛奶蛋白會產生過敏反應，是因爲寶寶的身體將牛奶蛋白視爲外來物質(也就是所謂的過敏原)，而依據過敏的情況又可分爲兩大類：
第一類是急性的免疫球蛋白E過敏反應：寶寶會在5天-1周內出現“異常哭鬧、排出血絲便、不吃，嚴重者甚至出現吐血、休克”等症狀。
第二類則屬於慢性的細胞性免疫反應：寶寶會在1-2個月內慢慢浮現“血絲便、腹瀉、嚴重溼疹”等。當出現這些症狀後，應及時就醫。
