其實水解蛋白配方奶粉和一般的分段奶粉在營養上沒有什麼差別，水解蛋白配方奶粉只是採用水解工藝將蛋白成分切割變成小分子，並不會影響奶粉中原有的營養。所以媽媽們不必擔心寶寶喝水解蛋白奶粉會缺乏營養。
對於有過敏症狀的寶寶而言，水解蛋白奶粉是最佳的選擇，能夠預防和緩解及治療過敏現象。但當寶寶持續喝水解蛋白奶粉6個月，期間再未發生過敏現象，家長們應該要慢慢給寶寶由水解蛋白轉成普通的配方奶粉。
但是對於一般無家族過敏史或有出現過敏症狀的寶寶而言，一開始還是應該選擇按階段劃分的配方奶粉，而不應該選擇水解蛋白奶粉。
有些家長擔憂蛋白質水解後會破壞營養成分，影響寶寶發育成長。其實，配方奶中的營養成分並不會因爲水解之後而改變，或變得沒有營養，但是味道會比較苦。此外，食用水解蛋白配方奶的寶寶排便次數較多或糞便顏色發綠，這些都是正常現象，並不會影響寶寶的發育成長。
反之，如果未能及時處理寶寶的過敏，持續排出血絲便造成寶寶缺鐵性貧血，或持續腹瀉造成營養吸收差，反而可能影響寶寶的體智能發育。
水解蛋白配方奶粉是針對“牛奶蛋白過敏”的寶寶所研發的牛奶類製品。
水解蛋白配方奶粉是將配方奶中大分子蛋白質水解成小分子蛋白質(適度水解)或氨基酸(完全水解)，以降低牛奶蛋白的致敏性。身體的過敏反應累及不同的器官會有不同的表現，例如累及氣管時，表現爲“哮喘”;累及鼻子稱爲“過敏性鼻炎”，累及皮膚則稱爲“異位性皮炎”，即“溼疹”。目前研究指出，飲用水解蛋白配方奶，確實有助於緩和寶寶皮膚過敏的症狀。
水解蛋白配方奶有“完全水解”與“適度水解”的分別。如果寶寶確診爲對牛奶蛋白過敏，醫師會建議使用完全水解而不是適度水解蛋白配方奶。當寶寶飲用完全水解蛋白配方奶滿6個月大之後，如果沒有出現上述過敏反應時，家長就可以讓寶寶喝一般的配方奶，如果仍擔心會引起過敏反應，則可以選擇適度水解蛋白配方奶。至於適度水解蛋白配方奶的產品，因爲其蛋白質水解的程度及比例各家品牌不盡相同，應先請教專業醫師意見，並以知名品牌且品質管控較嚴格者爲優先考量。
