水災災區衛生條件差，特別是飲用水的衛生難以得到保障，首先要預防的是腸道傳染病，如霍亂、傷寒、痢疾、甲型肝炎等。另外，人畜共患疾病和自然疫源性疾病也是洪澇期間極易發生的，如鼠媒傳染病：鉤端螺旋體病、流行性出血熱;蚊媒傳染病：瘧疾、流行性乙型腦炎、登革熱等。
災害期間還常見皮膚病：浸漬性皮炎(“爛腳丫”、“爛褲襠”)、蟲咬性皮炎等;意外傷害：溺水、觸電、中暑、外傷、毒蟲咬螫傷、毒蛇咬傷、食物中毒、農藥中毒等。
1、進食和飲水前、接觸自身機體前(如手擦汗、抓癢、揉眼等)、接觸乾淨衣物前、回住處前、便後、接觸(可疑)污染物後，應該流動水洗手，必要時(接觸屍體、屍液、糞便污染時)進行手消毒。
2、有條件時首選肥皂或皁液、洗手液用流動水洗手。儘量避免共用水洗手，如只有共用水洗手，洗後必須進行手消毒。
3、無水洗手時，先用溼巾或酒精棉球擦去手上明顯污染物，然後用手消毒劑(最好選擇醫護人員使用的快速手消毒劑，含醇類凝膠)揉搓手，重複2次，最後用溼巾或酒精棉球擦手。務必做到清洗乾淨。
4、遇到能用水洗手時馬上洗手。
5、最好配合使用護手霜保護手部皮膚。
6、建議儘量戴乳膠手套進行所有操作(配製消毒液、噴灑)，操作完成後丟棄;去除手套後必須進行洗手和手消毒，方法同上。
1、首選泡騰消毒片：2000mg/L噴灑消毒(每升水加4片，泡騰片10-15分鐘後能自己溶解);由於該消毒液氯味濃，可掩蓋腐爛氣味。
2、漂白粉使用1%上清液噴灑(每升水加10g,相當於1家用小湯勺;不能直接在噴霧器配製;應先在其他容器內攪拌溶解後沉澱後，取上清液倒入噴霧器，防止雜質堵塞噴頭)。
3、次氯酸鈣消毒粉(漂粉精)含有效氯65-70%，使用0.3%上清液噴灑(每升水加4g消毒粉，配製方法同漂白粉)。
4、二氯異氰脲酸鈉消毒粉(優氯淨)含有效氯60%，使用0.3%上清液噴灑(每升水加4g消毒粉，溶解性好，基本無雜質，可直接配製噴灑)。
5、如蒼蠅密度高，首選1：100-160的敵敵畏(0.5-0.8%敵敵畏)噴灑，以溼潤爲度，注意自身吸入中毒;如密度不高，首選1：100奮鬥吶(0.05%高效氯氰菊酯)或凱素靈(0.025%溴氰菊酯)，有滯留殺滅效果，防止蚊蠅滋生。
搭建臨時居住點應注意：(1)儘量採用小帳篷。(2)搭帳篷的地址應遠離蚊蠅孳生和垃圾等污染源的地方;最好設在交通方便、距離公路2米以上;嚴禁搭建在洪水浸泡過的圍牆、建築物旁，以免造成二次傷害。(3)選址要選在地形較高，易於排水的地方。(4)帳篷區四周應設排水溝，注意棚內自然通風。
1、外環境處理
每天採用1%漂白粉上清液對外環境噴灑消毒，早晚各一次;在臨時居住帳篷或住所周圍5-10米範圍使用1：100奮鬥吶或凱素靈作滯留噴灑，防止蜱蟎侵害;對臨時垃圾點每天採用1：100敵敵畏快速殺滅蚊蠅和1：100奮鬥吶或凱素靈作滯留噴灑。
2、帳篷內消毒和防蟲
教育災民有太陽時儘可能把生活用品拿出去暴曬;要教育大家洗淨手，防止病從口入;餐具要及時清洗，保持整潔，定期煮沸消毒15分鐘或使用250mg/L含氯消毒液(0.1%漂白粉上清液、1片泡騰片加2升水)浸泡30分鐘後清水洗淨;地面每天用1000mg/L含氯消毒液(0.5%漂白粉上清液、2片泡騰片加1升水)噴灑一次。
有蟲媒傳染病發生的，要在住處裝上紗門紗窗、睡前點燃蚊香或使用電熱蚊香，也可使用市售氣霧劑、蚊香(或電熱蚊香)防蚊蠅，也可使用趨避劑。
3、污水處理
最好挖臨時污水坑集中處理，首選漂白粉，按每10L污水投加4g;也可按每10L污水投加2片泡騰片;混勻作用1-2h，餘氯維持5mg/L以上，方可排放。同時要定期進行殺蟲噴灑。
4、生活垃圾處理
必須要建臨時垃圾坑，每天用1%漂白粉上清液噴灑消毒，早晚各一次;同時噴灑殺蟲劑。
1、治療、換藥、手術等區域要相對隔離;儘可能提供洗手設施和條件。
2、醫療廢棄物要用1%漂白粉上清液或2000mg/L泡騰消毒液噴灑消毒後深埋;
3、儘量使用合適的銳器盒放置針頭和注射器，如果沒有可選擇一個帶有蓋子的厚塑料洗潔劑瓶子替代，做好集中處理。
4、醫療用品儘量使用一次性用品;重複使用的要保證清洗乾淨，選擇手提式壓力蒸汽滅菌器處理。
5、體溫表可使用500mg/L泡騰消毒液(1片泡騰片加1升水)浸泡30分鐘，然後用冷開水衝淨後備用。
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