脾胃虧虛、痰溼偏盛的男人也不能服用六味地黃丸。這樣的人，平時食慾欠佳，經常胸悶、胃脹，大便溏泄，舌苔偏厚，六味地黃丸中的地黃、山萸肉等過於滋膩，服用後會加重病情。
所有的腎陽虛都是在腎陰虛的基礎上形成的，但此時不要馬上補陰，陽虛的診斷指徵是舌質顏色淡，脈搏跳動多數是緩慢的，下肢發涼，怕冷，尿是清長的，這部分人要先補陽，再補陰，或者兩者同時進行(比如金匱腎氣丸就是這個作用)。
雖說六味地黃丸是偏於補腎陰的藥，但方子內滋陰的藥偏多，脾胃虛寒的人吃了後會妨礙消化功能，脾胃虛寒主要表現爲腰痠、怕冷、腹部寒涼、大便糖，即使有腎陰虛症狀，因此不建議這些人用，如果脾胃不好卻出現了腎陰虛症狀，建議在醫生指導下服用，一般應在飯後半小時服。服用六味地黃丸以後，如果出現食慾下降和腹瀉等症狀，可以在醫生的指導下同時服用香砂枳術丸等藥物減輕上述症狀。
感冒發燒期間、急性腸胃炎腹痛腹瀉的時候，即使有腎陰虛症狀，也暫時不宜服用六味地黃丸，一般來說，處於外感(感冒)階段的人，即使屬於腎陰虛，平時服用六味地黃丸的市民最好也要暫停服用。主要是處於外感階段時，主要的治療原則是解表散邪，突出在一個“散”字上，而六味地黃丸是數以補益滋膩的藥物，以“收”爲主，因此兩種藥物作用的方向是反方向的，一般建議暫停，等外感表症狀解除了再服用。如果感冒時候服用，則兩個原理相撞，得不償失，須待邪祛病癒後再服。
糖尿病病人不要服六味地黃蜜丸，因含糖量較高，易引起血糖波動。
肥胖的人，肥胖者不要長期服用六味地黃丸，以免影響脾胃功能。快節奏的生活、缺少運動以及生活壓力，使得發胖的人越來越多。中醫認爲脾主運化水溼，體胖者體內多爲“痰溼”，脾胃負擔本身就比較重，如果再服用六味地黃丸，將會進一步加重體內陰溼的症狀，使脾胃負擔加重，進而影響到脾胃功能。
沒有明顯腎陰虛症狀，不需要服用。雖然六味地黃丸有補腎的作用，健康的人在短期內服用可能也不會有什麼副作用，但是長期服用，可能會出現便溏、食慾不振等不適。
