因爲水果酵素是採用的自然發酵的方法，在發酵過程中菌落的構成受起始條件影響很大。在自然界中，水果表面的微生物組成是十分多樣的。而除了發酵需要的酵母菌或乳酸菌外，還有其他包括致病菌在內的微生物在蠢蠢欲動。一旦在製作的過程中稍有不慎，使得發酵過程中雜菌“佔山爲王”，這其中包括多種青黴、麴黴在內的黴菌，可以產生稱作展青黴素(又稱作棒麴黴素)的物質，對於被黴菌污染的水果製品(尤其是蘋果)來說，其展青黴素含量可達每克1微克，按照“水果酵素”中果、水3:10的比例計算，每天飲用100毫升就已經接近甚至超過暫定每日最大攝入量了。展青黴素在動物實驗中表現出神經毒性、胚胎毒性和一定致癌性，並且會對動物免疫系統具有抑制作用。
很多女性都是想通過自制酵素來搭配減肥的效果，而實際上水果酵素在製作的過程要加入大量的糖，從網上信息看，糖、水果和水的比例從1：3：10~1：1：5不等。換句話說，“水果酵素”的含糖量在10%以上。如此多的糖在讓口味變的“好喝”的同時，無形中增加了糖的攝入量，而這麼大含量的糖分又何來減肥的功效。
自制水果酵素會產生更多的亞硝酸鹽，在乳酸菌發酵過程中，亞硝酸鹽呈先上升再下降的變化趨勢，濃度峯值在1周左右時達到頂峯，隨後下降。而一週左右是網上一些“水果酵素”推薦的飲用時間。雖然隨着存放時間的延長，亞硝酸鹽含量會下降，但增加的發酵時間則會增加其他物質的產生。
營養師表示水果酵素本質上是水果釋放的和添加的糖、乳酸菌產生的乳酸或是酵母產生的酒精、氨基酸、維生素等代謝產物，再加上大量乳酸菌或酵母菌的菌體組成的混合物。它的成分組成，和酸菜汁或酒釀並沒有本質差異。
“水果酵素”最大的賣點，就是宣稱“酵素”能夠起到“減肥”、“養顏”、“排毒”等功效。但實事是，想依靠“酵素”，或者說酶，來起到這些效果，只能是美好的想象。從前面分析已經得出，蛋白質在整個發酵液中的量就很低。別提按照傳言中的“一天喝100毫升”，就算喝上一公斤的“水果酵素”，獲得的總蛋白質也不過0.2g——還不如吃上一個中等大小的蘋果。況且即使吃下了那少的可憐的酶，它也無法發揮其作用——由於它們缺乏保護，在通過消化道時，胃液和腸液中的蛋白酶就將它們斬爲小段，化作寡肽和氨基酸被吸收了。
