長期缺鈣會導致控制神經系統的能力下降，這樣夜間神經也始終處於亢奮的狀態，就容易失眠，難以入睡。即使睡着了也很容易多夢，容易做夢的人睡眠的質量不好。
鈣缺乏很容易導致骨骼疾病。兒童如果缺鈣會導致佝僂病，雞胸，缺鈣的孩子會出現生長痛;如果成人缺鈣會導致腰痠背痛、骨質增生;老年人缺鈣就會導致骨質疏鬆，容易骨折。很多老年人因爲缺鈣，50以上就會出現駝背，還有一些人因爲缺鈣，導致股骨頭壞死。
人的疼痛的感覺是由神經傳導和控制，如果缺鈣，導致神經敏感，痛感更強，女性就會感覺到非常明顯的痛經。所以，痛經的女性日常要多注意補鈣。
鈣是構成牙釉質和牙骨質的主要成分，齲齒會造成牙齒硬組織脫鈣，軟組織崩解，形成齲洞而感染牙髓，人體缺鈣就會加快這一過程。
糖尿病
人體嚴重缺鈣會導致胰島素分泌絕對和相對不足，從而加重糖尿病病情。持續性高血糖會造成排尿增多，使大量鈣質隨尿排出，引起血鈣降低，進而加速骨鈣析出，出現骨質疏鬆。所以鈣缺乏是糖尿病併發症之一。
低血鈣易刺激下丘腦調節攝食活動的神經核，使人總有飢餓感，引發進食過多，導致肥胖症。
鈣攝取量與高血壓發病呈反比關係。鈣缺乏會促進血壓的升高，鈣調節激素直接控制血清鈣的水平，同時間接地起着血壓調節作用。缺鈣可使機體血壓升高，而高鈣飲食能起到降壓的作用。
鈣除了通過降低血壓來保護心臟外，還可以幫助降低血中膽固醇，特別是降低危害最大的低密度脂蛋白膽固醇，從而達到保護心臟的作用。
腦血栓與腦栓塞
人體缺鈣可加速骨鈣析出，而引發腦動脈粥樣硬化，造成腦血管堵塞，形成血栓，致使腦組織缺血，缺氧而發生壞死，從而產生局部腦組織功能缺失。粥樣硬化潰瘍斑脫落後，進入腦動脈或頸動脈，會引起腦部血流阻塞，而發生腦栓塞，加速腦組織壞死。
自骨骼中游離出來的鈣離子沉積在血管壁上，促進動脈粥樣硬化的發生。另外，高血壓，高脂血症也會引起鈣離子進入細胞增多，引起細胞壞死，血小板及巨嗜細胞集中而引起動脈粥樣硬化，導致動脈內膽固醇增加，增加鈣鹽沉積。
當人體缺鈣或患骨質疏鬆時，甲狀旁腺素分泌量增加，會殺死腦神經細胞，而導致癡呆症。
膽汁反流會使胃腸道消化功能紊亂，影響機體對鈣的有效吸收，引起鈣代謝紊亂，細胞內鈣離子濃度增加，促進胃酸分泌，胃蛋白酶增加，從而導致消化道潰瘍發生。
肝炎
鈣能夠增強毛細血管緻密性，減少肝內水腫，抗過敏和穩定自主神經末梢，提高淋巴細胞活性及機體免疫反應，防止肝細胞壞死，對病毒性肝炎有輔助治療作用。
肝硬化會造成維生素D活性降低，腸道對鈣吸收減少，使患者體內缺鈣，引發食慾減退，腹脹。維生素D攝入不足，體內鈣消耗又增加，導致缺鈣更明顯，而引起機體鈣，磷代謝紊亂，肝細胞內鈣離子濃度增加，血管收縮，肝血流減少，造成肝細胞功能障礙。
鈣具有促進血液循環，保持血管彈性和韌性的功能。體內鈣量充足，細胞內鈣的濃度平衡，既可增加機體免疫系統的抵抗力，避免和減少感染，使感染部位癒合快。
嬰幼兒缺鈣導致生長髮育遲緩，免疫功能低下及胸廓畸形，使呼吸運動受限，繼發肺部感染。肺炎及併發呼吸衰竭時，血漿鈣濃度降低，肺細胞內鈣濃度增高。
哮喘
哮喘的發生與機體缺鈣有關。當機體缺鈣引起低血鈣，使神經興奮性增強，機體免疫力減低。鈣具有抗過敏的作用，補鈣對哮喘症狀的緩解有幫助。
低血鈣是誘發癲癇病的原因之一。鉀有調節神經興奮性的作用，低血鈣可引起細胞內的鉀大量外流，造成鉀泵功能紊亂，使神經興奮增高，而出現癲癇症。
世界衛生組織(WHO)統計分析表明：人類13五種基礎疾病中有10六種與缺鈣有關。像骨質疏鬆與骨質增生，高血壓，動脈硬化，和心臟血管病，老年癡呆症，糖尿病，各種結石病，各種過敏性疾病，肝臟疾病，腎病綜合症，性功能障礙，經前綜合症以及一些癌症等，都跟缺鈣有關。
