典型結腦起病多較緩慢。根據臨牀表現，病程大致可分爲3期。
1、早期（前驅期）1～2周：
主要症狀爲小兒性格改變，如少言、懶動、易倦、煩躁、易怒等。可有發熱、納差、盜汗、消瘦、嘔吐、便祕（嬰兒可爲腹瀉）等。年長兒可自訴頭痛，多輕微或非持續性，嬰兒則表現爲蹙眉皺額，或凝視、嗜睡，或發育遲滯等。
2、中期（腦膜刺激期）1～2周：
因顱內壓增高致劇烈頭痛、噴射性嘔吐、嗜睡或煩躁不安、驚厥等。出現明顯腦膜刺激徵，頸項強直，克尼格徵、布魯津斯基徵陽性。幼嬰則表現爲前囟膨隆、顱縫裂開。此期可出現顱神經障礙，最常見者爲面神經癱瘓，其次爲動眼神經和外展神經癱瘓。部分患兒出現腦炎體徵，如定向障礙、運動障礙或語言障礙。眼底檢查可見視乳頭水腫、視神經炎或脈絡膜粟粒狀結核結節。
3、晚期（昏迷期）1～3周：
以上症狀逐漸加重，由意識矇矓，半昏迷繼而昏迷。陣攣性或強直性驚厥頻繁發作。患兒極度消瘦，呈舟狀腹。常出現水、電解質代謝紊亂。最終因顱內壓急劇增高導致腦疝致使呼吸及心血管運動中樞麻痹而死亡。
不典型結腦表現爲：
1、嬰幼兒起病急，進展較快，有時僅以驚厥爲主訴；
2、早期出現腦實質損害者，可表現爲舞蹈症或精神障礙；
3、早期出現腦血管損害者，可表現爲肢體癱瘓；
4、合併腦結核瘤者可似顱內腫瘤表現；
5、當顱外結核病變極端嚴重時，可將腦膜炎表現掩蓋而不易識別；
根據小兒結腦的病理變化、病情輕重及臨牀表現，可分爲以下4型：
1、漿液型：
其特點爲漿液滲出物僅侷限於腦底，腦膜刺激徵及顱神經障礙不明顯，腦脊液變化輕微。常在粟粒型結核病常規檢查腦脊液時發現。多見於疾病早期，病情較輕。
2、腦底腦膜炎型：
爲最常見的一型。漿液纖維蛋白性滲出物較瀰漫，炎性病變主要位於腦底。其臨牀特徵有明顯腦膜刺激徵，顱高壓及顱神經障礙突出，但沒有腦局竈性症狀。腦脊液呈現典型結腦改變。多見於疾病中期，病情較重。
3、腦膜腦炎型：
腦膜和腦實質均受累。腦血管變化明顯，可出現腦局竈性症狀，如肢體癱瘓或偏癱，語言障礙，甚至失語，手足徐動或震顫，顱高壓或腦積水症狀顯著。腦脊液改變較輕，恢復較快，與臨牀表現不平行。此型病程長，遷延不愈或惡化、復發，預後差。
4、脊髓型：
炎症蔓延至脊髓膜或脊髓，除腦及腦膜症狀明顯外，尚出現脊髓和神經根障礙，如截癱、感覺障礙、括約肌功能障礙等。因腦脊液通路梗阻，腦脊液可呈黃色，有明顯蛋白細胞分離現象。此型病程長，多見於年長兒，臨牀恢復慢，常遺留截癱後遺症。
鑑別診斷
1、化膿性腦膜炎（以下簡稱化腦）：
嬰兒急性起病者，易誤診爲化腦；而治療不徹底的化腦腦脊液細胞數不甚高時，又易誤診爲結腦，應予鑑別。重要鑑別點是腦脊液檢查：化腦腦脊液外觀混濁，細胞數多>1000×10/L，分類以中性粒細胞爲主，塗片或培養可找到致病菌，鑑別一般不難，但治療不徹底的化腦腦脊液改變不典型，單憑腦脊液檢查有時難與結腦鑑別，應結合病史、臨牀表現及其他檢查綜合分析。
2、病毒性腦膜炎：
起病較急，早期腦膜刺激徵較明顯，腦脊液無色透明，白細胞（50～200）×10/L，分類以淋巴細胞爲主，蛋白質一般不超過1.0g/L，糖和氯化物含量正常。
3、隱球菌腦膜炎：
起病較結腦更緩慢，病程更長，多有長期使用廣譜抗生素及（或）免疫抑制劑史。病初多無明顯發熱。顱高壓症狀顯著，頭痛劇烈，與腦膜炎其他表現不平行。視力障礙及視神經乳頭水腫較常見，症狀有時可自行緩解。腦脊液呈蛋白細胞分離，糖顯著降低，腦脊液墨汁塗片可找到厚莢膜圓形發亮的菌體，結核菌素試驗陰性。
4、腦腫瘤：
尤其是嬰幼兒較常見的髓母細胞瘤可經蛛網膜下腔播散轉移，易發生顱神經障礙、腦膜刺激徵及腦脊液改變，易誤診爲結腦。但腦腫瘤一般無發熱史，少見抽搐、昏迷，顱高壓症狀與腦膜刺激徵不相平行，腦脊液改變較輕微，結核菌素試驗陰性，腦部CT或MRl有助於診斷。
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