西紅柿是可以放在冰箱冷藏保鮮的，但不建議放置太長時間。
擅長蔬果風味分析領域的美國佛羅里達大學(University of Florida in Gainesville)園藝科學系教授 Harry 發現，研究使用了兩種品種的西紅柿，他們將這些西紅柿儲存在攝氏5度的溫度下，之後再把它們轉移到室溫攝氏20度中。當西紅柿保存在5°C以下7天時間，番茄的基因便不再起作用，而且無法恢復，表示漸失去新鮮度，西紅柿就會開始失去部分香氣，只冰個1～3天則不會受到影響。這是因爲冷藏會造成西紅柿成熟基因的轉錄活性降低，使西紅柿延緩成熟、香氣含量降低，將番茄放置於室溫回暖，相關活性才略微回升。
所以維持西紅柿美味的方式，就是購買適量、即刻吃完，別放冰箱太久囉!
小貼士：研究顯示冷藏後的番茄中的糖類(主要是葡萄糖和果糖)以及酸類(主要是蘋果酸、檸檬酸)的含量並沒有明顯改變。也就是說冷藏後的西紅柿營養並未流失，只是口感會沒那麼好，因此習慣將西紅柿放冰箱冷藏保存的也不必太過擔心。
1、常溫保存
1.將每顆番茄分別用報紙包起，蒂頭朝下放入籃子中，放置於15∼25℃，不會直射到陽光的位置保存。
2、避免密封保存
一般從超級市場買番茄回來，都是密封包裝，而街市買的亦會用膠袋裝着，如長期綁緊袋口，容易令水氣積聚，潮溼悶熱的地方容易滋生細菌和黴菌，若不是當日食用，適宜把袋子打開口，並注意別把番茄擺放在陽光直射或潮溼的地方。
3、避免疊着放
由於番茄的外皮薄，若將番茄疊起擺放，疊着的部分會較容易腐爛，宜留有適當的空間。
