伊康唑膠囊的副作用主要是胃腸道不適，比如厭食、吃不下飯或者噁心、肚子疼，還有可能會出現便祕，如果持續用藥超過1個月，有可能這些症狀都會出現。
如果出現厭食、噁心、嘔吐或者尿液變深，都要檢查肝功，如果肝功不正常，建議停藥。
其他還有一些少見的副作用，包括頭疼、轉氨酶升高或者女性月經紊亂、頭暈、過敏症狀，如瘙癢、紅斑等，如發現這些症狀，儘量終止治療。發生任何不良反應的時候，都要到醫院找醫生或者藥師諮詢。
孕婦和哺乳期婦女不要用這個藥物。
伊曲康唑是一個抗真菌藥，主要用於淺表的真菌的感染，比如皮膚、口腔、角膜、陰道等真菌的感染。
這個藥孕婦是禁用的，因爲孕婦用藥有可能會導致胎兒的畸形，需要注意空腹服用吸收比較差，要在餐後立即服用。如果存在胃酸缺乏的情況，或者正在服用減少胃酸的藥物，服藥的時候最好用酸性飲料送服，比如含糖的可樂。如果服用的是膠囊一定要完整的吞服藥物，一定不要掰開或者咀嚼。伊曲康唑治療皮膚感染或者甲真菌病可能用藥的療程比較長，所以一定要在醫生的指導下按療程用藥，不要擅自的停藥。
伊曲康唑是廣譜抗真菌藥，可以用於治療外陰陰道念珠菌病、花斑癬、皮膚真菌病、真菌性角膜炎和口腔念珠菌病。
一般飯後溫水送服，當用於治療念珠菌性陰道炎是，一次200mg，一天2次;用於治療花斑癬時一次200mg，一天一次，連用7天; 但用於治療皮膚真菌病時，一次100mg，一天一次，連用15天; 用於治療口腔念珠菌病時：一次100mg，一天一次，連用15天; 用於真菌性角膜炎是一次200mg，一天一次，需要連用21天。
需要注意的是，孕婦患者應謹慎使用本品，只有在疾病危機生命且潛在利益大於對胎兒的潛在危害時，方可使用本品，因爲本品具有生殖毒性，會造成先天性畸形。患者在服用藥物期間可能會出現胃腸道的不適，如厭食、噁心、腹痛和便祕，一般停藥後可自行消失。飲食上患者需要禁吃辛辣刺激及油膩食物，多吃水果，多喝水，規律飲食，利於病情康復。
