據六神丸說明書顯示一般建議溫水吞服六神丸，因爲六神丸中含有蟾蜍，對人體有麻醉作用，含服有可能會出現舌頭髮麻的情況。
1、六神丸含麝香和雄黃等成分，麝香能引起子宮收縮，會引起流產或早產，故孕婦禁用。
2、六神丸含有蟾酥，其有效成分爲蟾毒素等，一次服過量即可引起中毒，故兩歲以下的嬰兒應慎用，新生兒禁用。
3、含碘的華素片與含硃砂的六神丸同時服，因硃砂中的二價汞能與碘結合，形成碘化汞類有毒汞鹽沉澱，可導致藥物性腸炎。
4、六神丸有抑制消化酶的作用，因此不宜與助消化藥多酶片、胃蛋白酶及澱粉酶合用，否則會使消化酶降低療效或失效。
5、硫酸鹽會促使雄黃中的硫化砷氧化，會增加雄黃的毒性反應，故六神丸不宜與硫酸鹽同服。(如硫酸阿托品、硫酸亞鐵等)
1、過敏反應：這與用量無關，而且不論內服、外用均可引起，主要表現爲藥疹，也有出現喉頭水腫者，嚴重者會出現過敏性休克，故有過敏體質者應慎用。
2、子宮收縮：這是因爲六神丸中含有麝香所致，孕婦應禁用。
3、脫毛：有報道因口服、外敷六神丸還含有雄黃，故不宜與多酶丸及胃蛋白酶合用，否則會使藥物降效或失效，更不宜與阿托品等聯用，否則會促使雄黃氧化，增加毒性反應。六神丸性香燥，易敗胃，故宜飯後服用。凡脾胃不足、身體虛弱者應慎用或禁用。
