這種飲食法有時會和瀉藥一起使用，導致脫水。雖然這種飲食法補充大量的水份，但也可能使大便長期不成形，或是腹瀉不止。若沒有及時治療，甚至危及到生命。
長期食用像檸檬水這類的排毒飲食法，會引起噁心、嘔吐，甚至是脫水。嘔吐也使身體無法吸收營養。
改變飲食習慣可能影響你的腸道，而檸檬水飲食法可能導致腹部不適或脹氣，不僅令人尷尬，還非常痛苦。
大多數的排毒飲食法，會嚴重破壞你的新陳代謝，使得減肥者嘗試正常攝取食物後，反而體重增加，甚至比節食前重。
排毒飲食法副作用是代謝性酸中毒。根據哈佛醫學院的說法，若有人持續使用這種飲食法，會破壞酸礆平衡，使血液中的酸度升高，更糟的話可能導致昏迷，甚至是死亡。
