包括溫中，也包括溫經，用於經脈受寒的頭痛、腹痛、痛經，溫肝經經脈；溫中凡胃寒或脾胃有寒的均可廣泛使用。用於寒滯肝脈諸痛證。本品辛散苦泄，性熱祛寒，既散肝經之寒邪，又解肝經之鬱滯，爲治肝寒氣滯諸痛的要藥。治寒疝腹痛，常與小茴香、川楝子、木香等配伍，如導氣湯。治厥陰頭痛，常與人蔘、生薑等同用，如吳茱萸湯。治衝任虛寒、瘀血阻滯之痛經，可與桂枝、當歸、川芎等同用，如溫經湯。若寒溼腳氣腫痛，或上衝入腹，常與木瓜、蘇葉、檳榔等同用，如雞鳴散。略有行氣作用，但偏於止痛。
用於胃寒嘔吐證。本品有溫中散寒、降逆止嘔之功。治中焦虛寒的脘腹冷痛，嘔吐泛酸，常與人蔘、生薑等同用，如吳茱萸湯。治外寒內侵、胃失和降的嘔吐，可與半夏、生薑等同用。它常和清胃熱的黃連等配伍，治療胃熱嘔吐或肝鬱化火而引起的嘔吐。
它苦燥，能燥溼，用於泄瀉、腹瀉，虛寒泄瀉證。本品能溫脾益腎、助陽止瀉，爲治脾腎陽虛，五更泄瀉之常用藥，多與補骨脂、肉豆蔻、五味子等同用，如四神丸。陽虛、有寒的泄瀉，它補陽、散寒止痛、燥溼，最合適。
味辛能散，味苦能燥，性溫能祛寒，故可用於因寒、溫所致各種病症，《本草綱目》： “茱萸，辛熱能散、能溼；苦熱能燥、能堅。故所治之症，皆取其散寒溫中燥溼解鬱之功而已。”
吳茱萸蒸溜液、煎劑和沖劑過濾後，分別給正常兔、正常犬和實驗性腎性高血壓犬進行靜脈注射，劑量爲2～4克生藥/每犬，均有明顯的降壓作用，而且持續時間長，一般長達3小時以上；煎劑給犬灌胃降壓幅度較靜脈注射小。吳茱萸的降壓作用主要是使外周血管擴張而減低了外周血管的阻力，且與組胺釋放有關。
研究表明：吳茱萸中所含的吳茱萸苦素爲苦味質，有苦味健胃作用，其所含的揮發油又具有芳香健胃作用。吳茱萸的甲醇提取物，有抗大鼠水浸應激性潰瘍的作用；水煎劑還具有抗鹽酸性胃潰瘍和消炎痛加乙醇性胃潰瘍作用，對水浸應激性和結紮幽門性潰瘍有抑制形成的傾向.吳茱萸對離體小腸活動有雙向作用，低濃度時興奮，高濃度時抑制自發收縮活動，既能拮抗菸鹼、毒扁豆鹼、乙酰膽鹼、組胺、氯化鋇、酚妥拉明、利血平對離體小腸的興奮作用；亦能對抗六烴季胺、阿托品和腎上腺素對離體小腸的抑制作用，但不能拮抗苯海拉明、罌粟鹼、異搏定、美散痛對離體兔小腸的抑制作用。
吳茱萸中的擬交感成分對羥福林有鬆弛離體子宮作用，除去擬交感成分的殘存液則興奮大鼠子宮並可對抗對羥福林的鬆弛作用。其興奮子宮的成分爲去氫吳茱萸鹼、吳茱萸次鹼和芸香胺。去氫吳茱萸鹼可能爲 5-羥色胺受體激動劑，其興奮子宮作用能被二甲基麥角新鹼阻斷而不能被阿托品阻斷。
主要爲鎮痛作用，其鎮痛成分爲吳茱萸鹼、吳茱萸次鹼、異吳茱萸鹼及吳茱萸內酯。靜脈注射吳茱萸的10%的乙醇提取物，可使家兔體溫升高，也可提高電刺激兔齒髓引起的口邊肌羣攣縮的閾值，其作用強度與氨基比林相當。吳茱萸水煎劑5g/kg和20g/kg均能顯著延遲痛覺反應時間，可維持2.5小時都不消失.口服吳茱萸有鎮吐作用，與生薑同服，鎮吐作用可被加強。但亦有報告指出，吳茱萸煎劑及丙酮浸膏分別給犬灌胃，對4%硫酸銅所致犬的嘔吐均無鎮吐作用。
吳茱萸的功效作用非常的廣泛，它還能疏肝理氣，對心血管系統具有降壓效果，它的醇提物在體外對蛔蟲有顯著效果，其還具備很強的抗菌效果，因其辛苦而溫，搭配其它中藥還有很多的好處。
吳茱萸有小毒，含有多種生物鹼，對中樞神經有興奮作用，大量可致神經錯覺、視力障礙。
副作用表現
服用後可出現猩紅熱樣藥疹，表現爲四肢皮膚灼熱、瘙癢不適，出現針尖大小鮮紅色丘疹，壓之褪色，頸前及上胸融合成片，界限不清，皮溫升高。
中毒後主要表現爲：強烈的腹痛、腹瀉、視力模糊、錯覺、脫髮、胸悶、頭疼、眩暈或皮疹。
陰虛火旺者忌服。
