引起便祕原因複雜，但造成的危害卻不少。現在所知的危害主要有：
1、引起肛腸疾患。便祕時，排便困難，糞便乾燥，可直接引起或加強肛門直腸疾患。如直腸炎、肛裂、痔等。
2、胃腸神經功能紊亂。便祕時，糞便瀦留，有害物質吸收可引起胃腸神經功能紊亂而致食慾不振，腹部脹滿，噯氣，口苦，肛門排氣多等表現。
3、形成糞便潰瘍。較硬的糞塊壓迫腸腔使腸腔狹窄及盆腔周圍結構，阻礙了結腸擴張，使直腸或結腸受壓而形成糞便潰瘍，嚴重者可引起腸穿孔。
4、患結腸癌。可能是因便祕而使腸內致癌物長時間不能排除所致，據資料表明，嚴重便祕者約10%患結腸癌。
5、誘發心、腦血管疾病發作。臨牀上關於因便祕而用力增加腹壓，屏氣使勁排便造成的心、腦血管疾病發作有逐年增多趨勢。如誘發心絞痛，心肌梗塞發作，腦出血，中風猝死等。
6、引起性生活障礙。這是由於每次長時間用力排便，使直腸疲勞，肛門收縮過緊及盆腔底部痙攣性收縮的緣故，以致不射精或性慾減退，性生活沒有高潮等。
7、易使婦女發生痛經，陰道痙攣，並生產尿瀦留，尿路感染等症狀。
8、影響大腦功能。便祕時代謝產物久滯於消化道，細菌的作用產生大量有害物質，如甲烷、酚、氨等，這些物質部分擴散進入中樞神經系統，干擾大腦功能，突出表現是記憶力下降，注意力分散，思維遲鈍等。
以上危害，雖並非所有患者都出現，但足以說明必須在日常生活中加強便祕的預防和治療，將便祕趕走。
