不論細菌、病毒、原蟲引起的感染性腹瀉，還是非感染性腹瀉，都會引起腸道菌羣失調，補充益生菌可以恢復腸道菌羣平衡。對於乳糖不耐受引發的腹瀉，可以同時補充益生菌和乳糖酶。
寶寶便祕時大便乾燥，排便困難，補充益生菌可以增加腸蠕動，對便祕能起到一定的緩解作用，對於長期便祕的寶寶，服用益生菌，可以對大便有明顯改善。
小寶寶由於自身免疫系統發育尚未成熟，胃腸道消化功能較弱，易出現消化不良表現，益生菌可促進消化。
引起鵝口瘡的原因是白色念珠菌（一種黴菌），白色念珠菌不僅侵犯口腔，還會侵犯整個消化道引起腹瀉，益生菌對鵝口瘡也能起到輔助治療的效果。
反覆溼疹
寶寶反覆溼疹的主要原因是過敏，益生菌雖然不能從根本上除去過敏原因，但是能輔助治療過敏的作用。
抗生素會殺死身體裏的有益菌和有害菌，服用抗生素期間，適當補充益生菌有助於恢復菌羣平衡。
腸脹氣、腸絞痛都是寶寶胃腸發育不成熟的表現，順時針按摩腹部，俯臥位都可以緩解腹部不適，服用益生菌會獲得比較理想的效果。
這些孩子一般免疫力低，補充益生菌可以提高腸道免疫功能，腸道免疫功能增強，也會刺激全身免疫功能。
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