美國科研人員在《Nature》公佈的一項研究成果稱，菌羣失調是造成肥胖者體重增加的重要原因之一。“控制”消化系統內的細菌，可達到減肥的效果。《Nature》雜誌肯定了這一研究，稱之爲“革命性的想法”。
另外，建議最好在寶寶半歲左右及斷奶期和上幼兒園時能補充一段時間的益生菌。因爲寶寶在半歲時，體內的抗體少，這時抵抗力會比較差，容易受到感染。如果此時及時補充益生菌可以更好的提高抵抗力，起到預防疾病的作用。同時，隨着嬰幼兒的成長，開始吃各種輔食，特別是在斷奶後基本上都是吃固體飲食了，會引起腸道內菌羣的變化，上幼兒園後接觸人羣的增多也會增加感染機率，所以斷奶期和上幼兒園時也應該補充。
能從母親產道獲得益生菌，相反剖腹產兒由於有益菌的缺少，極易導致胃口差、挑食、偏食、厭食、便祕等現象。
在防治食物過敏性疾病方面唯獨益生菌療法備受青睞。因爲益生菌可通過分泌γ-干擾素、IL-10和TGF-β等細胞因子，以調控機體的免疫應答，恢復免疫系統的動態平衡，有效防治過敏性疾病。
益生菌及其產物通過腸道內壁激活免疫細胞，促進腸粘膜分泌免疫球蛋白（SlgA），這些被益生菌激活的免疫細胞遊走到全身，可維持機體全身免疫力處於正常狀態。當幼兒體內的益生菌減少時，免疫力也會發生失衡，臨牀表現爲“體質弱、反覆生病”。
益生菌會促進腸道內各種消化酶的產生，特別是乳糖酶，加快牛奶中主要成分乳糖的分解和吸收；同時，益生菌也能產生維生素β和維生素κ等營養物質，促進鈣、鐵、鋅等微量元素的吸收。如果孩子體內的益生菌減少了，就可能會出現生長髮育不良的狀況。
非母乳餵養的寶寶
母乳中含有益生菌，牛奶餵養兒比母乳餵養兒腸道中有害菌的比例要高很多，腐敗梭菌、腸桿菌的檢出率高，這也從其糞便的差異性反映出來。跟蹤研究發現，這種有害菌比例較高的情況會導致孩子長大發生便祕、腹瀉，遠遠高於母乳餵養兒。給非母乳餵養兒經常補充益生菌，就能減少非母乳餵養的不利影響。
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