菊花茶性涼，對於體虛、脾虛、胃寒病者，如果喝多了會導致腸胃出現寒涼之氣，引起腹痛腹瀉的現象。
菊花茶性寒，還有清熱降火的作用，喝多了菊花茶就可能出現副作用，容易引起胃部不適，導致反酸，因此脾胃虛寒的人更加不能多喝菊花茶，容易損傷脾胃。
喝多了菊花茶可能會導致胃部不適，出現反酸的現象，腸胃分泌液不正常，則可能引起食慾減退的情況。
菊花性微寒，一般人飲用有清熱降火作用，但陰虛火熱體質的人喝多了菊花茶反而會引起上火。陰虛火熱的症狀有形體消瘦，手足心熱，潮熱盜汗，心煩易怒，頭髮、皮膚乾枯，舌乾紅，耐冬不耐夏等。
菊花茶是花茶，一些人少量飲用可能不會過敏，但若是長期大量飲用，則可能會出現過敏反應，出現皮膚紅腫、紅疹等症狀。所以，體質敏感的人喝菊花茶應先泡一兩朵試試看，沒有不適再多泡些。
