6月12日相關部門從切割進口三文魚的案板中檢測到了新冠病毒，通過自查發現產品貨源爲京深海鮮市場，而其他的牛羊肉、豬肉、蔬菜、水果及相關設施中暫未發現新冠病毒。
對於新發地市場發現的40件環境陽性樣本來源，北京市衛生健康委新聞發言人高小俊迴應《中國新聞週刊》說：“有的來自三文魚案板，有的不是。
由於流調溯源的工作仍在進行中，尚未知道是三文魚是在宰殺、運輸、包裝、切割過程中的哪一環節接觸到了新冠病毒。在微博上，甚至有些聲音開始懷疑活三文魚能夠感染新冠病毒。
目前，對於魚類和新冠病毒關係的研究還比較少，但已有的一些研究結果也表明了魚類感染新冠病毒的概率相對較低。
6月12日晚，北京市市場監管局下發通知，北京市啓動食品安全大檢查。檢查以生鮮、冷凍豬肉、牛肉、羊肉、雞鴨肉等畜禽肉類、水產品及其製品爲重點品種，以各類經營生鮮、冷凍肉品及水產品的食品集中交易市場(含附設冷庫)、專業冷凍冷藏庫房、超市、便利店、食雜店以及肉類和水產品使用量大的餐飲服務單位等經營者爲重點，全面排查食品安全風險隱患。
加大對食品集中交易市場的監督檢查，督促市場開辦者落實食品安全管理責任，依法對入場食品經營者履行管理義務，查驗並留存食用農產品產地證明或者購貨憑證、合格證明文件，並覈對入市畜禽類產品檢疫合格證明標識內容與實際數量、來源等情況，無食用農產品產地證明或者購貨憑證、合格證明文件一律不得入場銷售。
加大對超市、便利店、食雜店等食品經營者的監督檢查力度，督促食品銷售經營者嚴格履行食品安全主體責任，嚴格落實進貨查驗及記錄相關要求，採購食品依法索要相關憑證，不採購、貯存、銷售無溯源憑證、來源不明、過期變質等不符合食品安全標準的食品，特別是進口產品要索取出入境檢驗檢疫部門出具的檢驗檢疫證明文件。
各區要準確掌握轄區內餐飲服務單位的復工復產情況，結合有關文件要求，對轄區內已復工的餐飲服務單位進行全面的疫情防控和食品安全監督檢查，對學校(含托幼機構)食堂和養老機構食堂要開展全覆蓋檢查。按照《餐飲服務食品安全操作規範》的要求，全面檢查餐飲服務單位的原材料進貨、食品加工製作、餐飲具清洗消毒、從業人員健康狀況等。重點對餐飲服務單位海鮮、豬牛羊肉的進貨查驗情況進行檢查，確保來源可追溯，堅決禁止在餐飲環節購買和使用來源不明的肉類、水產品以及其他食品原料。督促酒吧、夜店、網絡訂餐平臺落實食品安全和疫情防控主體責任，確保檢查取得實效。單位食堂、集體用餐配送單位和中央廚房從業人員佩戴的智能體溫計要做到應注盡注、應戴盡戴、應用盡用。
北京的主要商超企業超市發、物美、家樂福都已連夜下架全部三文魚。連鎖超市企業主要依賴於原產地直採，因此可以保障超市蔬菜、水果、肉類、米麪糧油等民生商品貨源穩定。
超市發相關負責人表示，門店銷售的三文魚都是從國外進口，得知新發地從切割進口三文魚的案板中檢測到了新冠病毒後，超市發主動下架了門店中所有三文魚。
據介紹，超市發大部分果菜是從產地直採，只有小部分市民不常買的小衆菜會從新發地進貨，因此新發地關閉後，對超市發不會產生太大影響。超市發售賣的豬肉由北京市指定的屠宰場直接供應，牛羊肉是月盛齋等清真品牌供應，因此肉類銷售也不會受到影響。
目前，超市發已經與上游供貨商做好緊急調貨準備，確保米麪糧油和肉類的儲備。同時，由於新發地暫時閉市，一些原本要進入新發地的蔬菜需要其他出口，超市發已經接到相關通知，會緊急承接一些新發地的蔬菜。
物美方面表示，昨晚已經將所有三文魚商品全部下架，不再銷售。此外，物美所有的豬肉、牛羊肉、生鮮蔬菜類商品全部來源於原產地直採，可以確保食品安全。爲保證供應，物美所有門店均已做好各類民生商品，防疫物資備貨和緊急調貨準備。
此外，家樂福方面也表示，門店的蔬果以產地直採爲主，不受新發地閉市影響，目前貨源充足價格穩定。
