小孩得了百日咳通過積極的治療和護理是不會留下後遺症的，但是如果寶寶體質差，而且沒有及時治療，則也是有出現後遺症的可能性的，主要包括有呼吸系統方面的後遺症和神經系統方面的後遺症。
呼吸系統的後遺症
百日咳的主要後遺症是咳嗽，咳痰，還有的患兒會出現咽炎，氣管炎和支氣管炎的情況。對於一些抵抗力差的孩子來說，在患過百日咳後，還是經常反覆的咳嗽的話，家長可以考慮中醫治療，幫助孩子徹底去除病竈，另外，平時的飲食要特別注意，吃的清淡一些，避免長時間帶孩子待在對呼吸系統有刺激的環境中，減少咳嗽等發作的概率。
神經系統的後遺症
百日咳桿菌的內毒素可能會引起一系列中樞神經系統的後遺症，例如癲癇，智力減退，發育減慢等情況。有的患兒會表現爲反覆抽搐，有意識障礙，甚至出現腦水腫，腦疝等而危及生命。不過這種情況發生的概率不是很大，而且，由於其表現症狀很明顯，家長可以明確區分並及時就醫治療。
百日咳通過及時的治療是會完全康復，沒有後遺症的，但是如果寶寶抵抗力低，治療不及時，拖的比較久則可能會對肺部留下病竈，但一般表現在乾咳和盜汗上，如果寶寶出現了肺部結節，則應該去醫院檢查，肺部結節一般是肺部炎症或者肺部腫瘤造成的。
百日咳的傳播途徑就是感染了百日咳的病原體通過飛沫(就是唾液)傳染給其他人，包括典型病人及輕型病人。
百日咳桿菌不易在外環境中生存，僅能在上呼吸道粘膜中生長繁殖，隨同飛沫進行傳播，所以，百日咳的傳播途徑主要通過咳嗽時飛沫傳播，在病人周圍約2m以內都有吸入病菌的可能。百日咳桿菌在體外很快死亡，所以，很少通過衣物、用具等間接傳播。
