小孩得了百日咳通過積極的治療和護理是不會留下後遺症的，但是如果寶寶體質差，而且沒有及時治療，則也是有出現後遺症的可能性的，主要包括有呼吸系統方面的後遺症和神經系統方面的後遺症。
呼吸系統的後遺症
百日咳的主要後遺症是咳嗽，咳痰，還有的患兒會出現咽炎，氣管炎和支氣管炎的情況。對於一些抵抗力差的孩子來說，在患過百日咳後，還是經常反覆的咳嗽的話，家長可以考慮中醫治療，幫助孩子徹底去除病竈，另外，平時的飲食要特別注意，吃的清淡一些，避免長時間帶孩子待在對呼吸系統有刺激的環境中，減少咳嗽等發作的概率。
神經系統的後遺症
百日咳桿菌的內毒素可能會引起一系列中樞神經系統的後遺症，例如癲癇，智力減退，發育減慢等情況。有的患兒會表現爲反覆抽搐，有意識障礙，甚至出現腦水腫，腦疝等而危及生命。不過這種情況發生的概率不是很大，而且，由於其表現症狀很明顯，家長可以明確區分並及時就醫治療。
百日咳一天咳嗽多少次沒有確定的次數，在寶寶患病的時候家長也不會特地去數，主要是看咳嗽的持續時間，根據病情輕重情況不同，咳嗽的時間長短也不一樣。
大部分百日咳患兒每天咳嗽次數都是比較多，有的甚至是會連續咳嗽十分鐘左右，會損傷到他們的咽喉部位，造成炎症的發生，還會伴隨着噁心嘔吐等症狀表現，接連出來更多的併發症，患兒在晚上也無法更好的安睡，會加重咳嗽的程度和次數。
百日咳是一種傳染性非常強的疾病，所以我們家長在寶寶的了百日咳期間，一定要給寶寶做好隔離工作。
一般要隔離四到六星期。令兒童獨處一室，避免不良刺激，如寒風，煙塵，以及精神緊張等。
患兒居室要保持通風，但同時不能讓他受寒，勤更衣洗曬。確保患兒要有足夠睡眠，如有夜間劇烈咳嗽者，可酌情使用鎮靜藥物。
