百日咳在不同的階段有不同的症狀表現，家長可以根據這些特徵來判斷寶寶百日咳處於哪種階段，然後能夠對症治療。一般百日咳包括四個時期，分別爲：潛伏期、卡他期、痙咳期和恢復其期。其間並無明顯界限。
潛伏期一般爲期1周-10天，長則3周，短則5日，無明顯症狀。
卡他期爲過了潛伏期之後發病初期，一般持續時間在一個星期到半個月左右，在最初的1-3天內，患兒主要症狀爲咳嗽，流鼻涕和眼淚，同時體溫會輕微的上升，這些症狀常被人們誤判爲感冒而被忽視。
3天后，其他症狀都會有所緩解，只有咳嗽會越發的嚴重，甚至有痙攣性咳嗽。這個階段的患者，會將疾病傳播給他人。
痙咳期處於一個病毒全面爆發的時期，也就是寶寶百日咳最嚴重的時候，這個時期最明顯的症狀就是經常出現持續幾分鐘到十分鐘左右的痙攣性咳嗽。
每次發病時，患者會連續若干次的短促的咳嗽，這時其正在呼氣;隨後猛烈的吸入空氣，吸入的氣流通過高度緊張狀態的喉管，發出類似公雞打鳴的聲音(半歲以下的幼兒一般不會出現痙咳，而是出現呼吸不暢，發紺，非常容易死於缺氧)。
這樣的情況，一天會發生幾次到30多次，夜間症狀重於白天，以低齡患者病情更爲嚴重。這樣的咳嗽過程不會停止，除非淤積的痰被全部咳出。伴隨着咳嗽的加劇，還可能出現嘔吐，便溺失控，面部潮紅等現象，嚴重者面部浮腫，五官粘膜出血，口吐鮮血，甚至腦出血。在不發生繼發感染的情況下，患者體溫恆定，肺部也正常，肺內或有鑼音。
等過了痙咳期，在醫生的治療和家長的護理情況下，寶寶百日咳慢慢恢復，進入恢復期，家長可以根據恢復期症狀判斷寶寶藥物是否見諒等情況。
恢復期代表上一期的症狀有所緩解，甚至消失。食慾有所增強，精神狀態也不錯。一般2-3星期恢復。但如果遇到上呼吸道感染或外界其它刺激，那麼就可能會復發。待外界刺激或感染消失，病情會消失。
