如果手術施行不完全，少量胎兒組織殘留於子宮內，可能影響子宮收縮而造成持續出血或造成粘黏、感染等情況。最好再仔細做一次手術清除殘餘的組織。子宮的位置或形狀不正常，一般比較容易造成此後遺症。
妊娠週數愈大，危險機率愈高;打胎次數愈多，穿孔機會也愈大。其它如子宮位置、形狀異常或以前動過手術的子宮皆有較大的穿孔機會。
如果器械消毒不完全，或是手術者本身未注意無菌過程，即可能造成子宮內感染，甚至繼續往上傳染侵犯輸卵管及骨盆腔，嚴重時會造成以後容易宮外孕或不孕的後果。
在進行子宮擴刮術時，如果刮的太粗魯，導致子宮頸或內膜受傷、發炎，就有可能產生術後的子宮頸或內膜粘黏、並會引起月經異常，如無月經或月經量過少。嚴重者會在以後產生不育症的情況。
子宮頸受傷
在擴張子宮頸口的過程，如果不小心，或擴張速度太快，都有可能造成子宮頸的損傷，並造成以後懷孕較容易流產的情形，尤其是第一次懷孕或尚未生育過的婦女比較容易發生。
婦女服用抗孕藥物後，子宮腔內的胎囊組織可在當天排出，有時妊娠組織物排出不全，子宮內膜復原欠佳，陰道出血時間較長，可持續2~3周，甚至1~2個月。長期慢性失血可引起貧血。
抗孕藥物可以抑制卵巢的功能，影響卵泡的生長髮育甚至干擾排卵。個別婦女藥物打胎後，可發生月經失調，表現爲月經週期縮短或延長，月經量增多。
育齡婦女如反覆妊娠、反覆流產會造成子宮內膜反覆受損。由於子宮內膜有損傷，一旦她們需要正常妊娠，容易發生前置胎盤，可引起產前大出血;甚至發生習慣性流產。
